黑魂山的一切都被方舟恢復到原樣，包括城市中的怪物，還有魂火制造出來的深淵監視者。
他帶著阿雅，桂妮薇婭，趙飛雁三人，使用地遁術，回到百年之后。
這期間，時不時有一些修仙界的人進入黑魂世界，然后被深淵監視者獵殺，被魂火變成不死者。
百年后，凌霄月也出現了，此時她才先天境而已，并沒有發現方舟在暗中監視。
凌霄月偷走了火焰圣劍的劍鞘，這是方舟制造出來的山寨版，并沒有正版的威能。
不過正版劍鞘只有在阿雅的手中才能發揮出作用，在凌霄月手里只是一件精美的物品而已。
凌霄月在山寨版的阿雅的追殺下逃離了黑魂世界。
過了一段時間，又一個方舟的熟人出現了——夜鼠。
他誤入黑魂世界，最終實在一群大光頭手中，被魂火變成不死人，專門坑老鄉。
如此又過了十幾年，剛剛晉升先天沒多久的方舟終于出現了。
方舟躲在暗中，看著過去的自己，護火教斷裂的圣劍已經被他放置到原先的位置上。
一切如歷史的軌跡前進，先天境的方舟一舉一動都沒有出現偏差。
這個時候就需要趙飛雁出場了。
趙飛雁按照方舟灌輸給她的記憶，神魂在方舟的幫助下從肉身中脫離出來，附身在半截黑色斷劍中。
先天境的方舟剛剛解決完一群大光頭，得到了黑色斷劍，就被趙飛雁的神魂拉入神魂之境中，引誘他去法蘭要塞尋找另外半截斷劍。
方舟和夜鼠穿過冷冽山谷，碰上了山寨版的阿雅。
隨后他進入到法蘭要塞中，被深淵監視者追殺，不得已使用核平術逃跑，瀕臨死境。
當方舟進入到地下三層時，就輪到桂妮薇婭登場了。
桂妮薇婭守著希望之火的余燼，并且將余燼的力量送給方舟，借助他的手，將余燼送入到山寨版的阿雅手中。
然后趙飛雁再度登場，將自己御劍術的心得和經驗傳授給方舟。
得到幫助的方舟殺死了深淵監視者，尋回兩截斷劍，并且將山寨版的阿雅帶走。
這個山寨版會代替正版，一直在過去的歷史中循環往復。
一個月后，方舟離開了黑魂世界。
不過他剛剛離開，又一個方舟出現了。
這個方舟是來黑魂世界尋找九陽丹最后一種材料的。
趙飛雁和桂妮薇婭再度登場了。
趙飛雁扮演一個死人，神魂再度從金身中脫離出來，與金丹境的方舟交談后，任由他帶走自己的金身。
桂妮薇婭則是扮演先知的角色，將方舟和阿雅引導到數千年前的歷史。
當金丹境的方舟和阿雅使用地遁術離開后，躲在暗中的方舟松了口氣。
未來沒有改變，意味著他成功騙過了幾個觀察者，讓歷史的事實得以重現。
黑魂世界的文明卻被方舟拯救下來，被他收入煉仙城的人口接近千萬，這足夠他們重建文明了。
趁著海市蜃樓還沒有消失，方舟和阿雅來到入口處。