嘉靖四十一年（1562年）五月，副總兵黑春統軍清剿王杲，卻被王杲設伏生擒后磔死。王杲借機南下，犯遼陽，劫孤山，掠撫順、湯站，前后殺死指揮王國柱、陳其孚、戴冕、王重爵、楊五美，把總溫欒、于欒、王守廉、田耕、劉一鳴等數十人。
萬歷元年（1573年），王杲在撫順互通馬市。在馬市上誘殺了明朝備御裴承祖，明朝一看這個，就停止了建州的貢市。
萬歷二年（1574年），王杲以明廷斷貢市、部眾坐困為由，糾集韃靼土默特、泰寧諸部，大舉犯擾明朝遼東重鎮遼陽、沈陽。李成梁督兵進剿王杲所在的古勒寨，斬首一千余級。
萬歷三年（1575年），王杲被哈達貝勒王臺俘虜，獻給明廷，王杲被凌遲于北京。
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四、建州第三次叛明
萬歷十一年（1583年），王杲之子阿臺圖報父仇，屢襲明軍。明將李成梁兵圍阿臺藏身的古勒城。
建州左衛，枝部酋長、大明都指揮使覺昌安和他的兒子塔克世一起，進入了古勒城勸降阿臺圖。
而被圍困的圖倫城的城主尼堪外蘭，其實早已經將阿臺圖標好了價格賣給了李成梁。明軍入城，將城中建奴殺戮一空，當然也包括了覺昌安和塔克世。
努爾哈赤問李成梁為何要殺祖、父二人？明遣使謝曰：‘非有意也，誤耳!’與敕三千道，馬三十匹，封龍虎將軍，復給都督敕書。【太祖起而陳訴：以父、祖效忠，為明向導，共除大懟，兵鋒所及，反與同殲，請示其故。成梁謝遣之。《清實錄》】
【乃歸二祖喪，與敕三千道，馬三十匹，封龍虎將軍，復給都督敕書。《東華錄》】
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五、努爾哈赤建立后金
萬歷十九年（1591年）李成梁被罷免官職，至萬歷二十九年（1592年）李成梁七十六歲高齡再次被啟用震懾遼東，這十年的時間里，明廷共更換了八個主帥，遼東防務松弛。
而李成梁發現了正在逐步壯大的努爾哈赤，而努爾哈赤聽說李成梁復鎮遼東之后，立刻派出了自己的弟弟努爾哈齊前往明廷朝貢。
李成梁對后金方略就是扶弱抑強，他久鎮遼東，自然知道這些游牧部族的習性，認為建州三衛女真人，不能長期穩定的團結，一定會內訌。
董山與凡察衛印之爭，覺昌安與王杲左右衛所之爭，阿臺圖與塔克世之爭，他都看在眼里。
他示意明廷籠絡努爾哈齊，以增加努爾哈齊和努爾哈赤的矛盾。之后，李成梁又讓兒子李如柏，娶了舒爾哈齊的女兒為妾。
明廷再次傳出彈劾李成梁的消息，努爾哈赤立刻開始統一女真人的步伐。
萬歷三十五年努爾哈赤征伐烏喇部，烏喇部在烏碣巖之戰中大敗，海西女真歸附。
萬歷三十六年，努爾哈齊被削爵，一怒之下反出建州，至開原（現鐵嶺），李成梁大喜過望，火上澆油，上書請旨冊封努爾哈齊。努爾哈齊接受明廷冊封，建州右衛都指揮使。
萬歷三十六年，李成梁再次被彈劾罷免，熊廷弼鎮遼東。
努爾哈齊看自己的靠山不見了，面對努爾哈赤的咄咄逼人，失去了抗爭的勇氣，回到了努爾哈赤賬下，幽禁致死。
萬歷四十年努爾哈赤再次出兵，擊敗烏喇部。萬歷四十一年（1613年）正月，滅烏喇部后，向葉赫部進軍，攻勢如火，連克城寨十九座，明廷見狀介入，努爾哈赤休兵。
萬歷四十三年（1615年）七月，努爾哈赤趁著葉赫老女與蒙古成婚之機，發兵三千，屯駐南關舊地，準備一舉蕩平葉赫，由于明廷的再次干涉，努爾哈赤只好暫時息兵。同年李成梁卒於北京。
萬歷四十四年（1615年）努爾哈赤在赫圖阿拉稱“覆育列國英明汗”，國號“大金”（史稱后金），成為后金大汗，年號天命。
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