魏征曾經向李二推薦過侯君集，還說侯君集有宰相之才。
換言之，魏征根本就是與侯君集站在同一條道上的人。
他當然不會彈劾侯君集，正想著辦法幫侯君集免去牢獄之災。
李二本想保存侯君集，畢竟侯君集支持發動玄武門事變，并且參與率軍控制唐高祖和朝臣，其功勞很大。此后，他又立過不少軍功。
可是，侯君集如今所犯之事，惹了眾怒，李二唯有將其下獄審判。
就在這個時候，銀青光祿大夫岑文本站出來替侯君集求情。
岑文本給李二呈上一封奏疏，長篇大論的引經據典，為侯君集開脫罪名。
岑文本奏疏中列舉了漢武帝、漢元帝、晉武帝、隋文帝等君主的例子，勸說侯君集功大于過，不應下獄，反而要受到封賞才對。
李二本來就想過保存侯君集，看完岑文本奏疏，更是找到了替其開脫的理由，便釋放了侯君集。
最后，侯君集功過相抵，既沒有受到封賞，也沒有受到懲罰。
不過，這件事之后，侯君集把李在古當成了眼中釘肉中刺。
侯君集平時與岑文本并不是很熟，只是點頭之交，他不明白岑文本為什么要幫他。
但不管怎樣，岑文本幫了他，他獲得釋放之后，立即登門拜訪岑文本，以示感謝。
岑文本對侯君集說，他只是做了認為對的事，并不是因為對方是何人。
侯君集辭別岑文本，回到家中。
他總覺得岑文本幫自己，目的不純。
不管怎么說，岑文本是幫了自己，這個恩情，日后有機會一定會報答。
侯君集雖然沒有受到處罰，但他自以為在西域立了功，卻因貪污而被下獄囚禁，心中怏怏不樂，怨恨朝廷對他不公。
與此同時，李二授封歸唐后的麴智盛為左武衛將軍、封金城郡公。授其弟麹智湛為右武衛中郎將、天水郡公。
在唐軍平定高昌后，李二與部分大臣考慮到高昌等西邊地區的重要性，經過深思熟慮，多次商議，李二決定按照大唐的制度在高昌地區實行州縣制，以高昌為西州，并在交河城設置了安西都護府。
同時，為了便于大唐朝廷能夠在西州地區征集軍隊，又設置了折沖府。
后來，這些折沖府的府兵對打擊西突厥、抵御吐蕃、維護絲綢之路等，發揮了重要的作用。
李二考慮到李在古多次參與西邊地區的軍事，又在沙州做過刺史，對西邊地區熟悉，因此任命李在古為安西都護府首任都護！
李在古出任安西都護府都護后，按照大唐在中原的制度，對高昌實施均田制、租庸調制、驛站制度，以及興修水利及設置官市，使得大唐對高昌的統治很快便穩定下來。
李在古經營安西都護府的同時，向李二送去一份奏疏。
奏疏的內容是提醒李二，要警惕西突厥，特別是要警惕西突厥的乙毗咄陸可汗欲谷設。
欲谷設覬覦大唐，之前高昌與大唐作對，也是此人從中作梗。
李在古除了提醒李二要警惕欲谷設之外，還就應對西突厥的方法上提了建議。
李在古認為，西突厥所管治的地方表面上看起來很大、很廣，但實際上西突厥內部四分五裂。
欲谷設并沒有完全統治整個西突厥，有不少部落首領不服他的統治。
其中，以乙毗沙缽羅葉護可汗為首弩失畢部更是一直與欲谷設作對，多次兵戈相見。