哥侖比亞制度的轉變并沒有獲得廣泛支持，反而埋下了導火索，最終引發了史稱千日戰爭的內戰。
從1899年10月17日到1902年11月21日，一共1130天，雙方動員了75000士兵，造成20萬人死亡，還破壞了國家經濟，令國家承擔了巨大的內外債務。
英鎊兌換率從1899年的15.85比索，于1903年達到505比索。
1902年11月22日，交戰雙方在米**艦“威斯康辛州”號上簽署協議，該協議稱為威斯康星州和平協議。
1903年1月22日，米國再就運河問題與哥侖比亞達成草案，但8月18日的哥侖比亞參議院表決并沒有批準，原因是米國要求擁有運河兩側8公里寬的土地的主權，永久性的。
于是，以摩根為首的米國銀行家們，為了其中的利益，轉為支持巴拿瑪獨立，繼續千日戰爭中，巴拿瑪地區人未完成的事業。
11月3日，巴拿瑪人占領了當地，解除了哥侖比亞在當地的武裝，事實上沒有遭到抵抗。
當夜，巴拿瑪宣布獨立，并在第二天成立臨時政府。
11月13日，米國正式承認巴拿瑪，之后，其他很多國家也都承認了。
11月18日，米國與巴拿瑪簽訂條約，確定米國有權繼續建造巴拿瑪YH區，并在沿岸建立米國的巴拿瑪YH區。
1914年1月7日，巴拿瑪運河首次通航。
1914年4月6日，米國與哥侖比亞簽訂條約，并于1922年3月2日生效。
大致是，米國賠償哥侖比亞2500萬美元，雙方消除在1903年巴拿瑪獨立事件中的所有裂縫。
允許哥侖比亞的軍隊在巴拿瑪運河免費通航，免除運輸農產品和郵件等船舶的稅務。
促使哥侖比亞正式承認巴拿瑪，并引用1855年6月9日的邊界，在沒有巴拿瑪參與的情況下，確定了巴拿瑪與哥侖比亞的邊境。
1914年8月15日，巴拿瑪運河正式開通。
由于YH區兩側各帶寬5英里永久授予了米國，并建造了圍欄，這令巴拿瑪人很不滿，最終在50年后，引發了1964年1月9日的暴力沖突。
這一天被稱為烈士日，記載有22名巴拿瑪人喪生。
1964年1月15日，巴拿瑪與米國斷交，直到4月，米國同意就巴拿瑪運河問題重新談判。
1977年9月7日，雙方達成協議，米國答應將在1999年12月31日中午，把巴拿瑪運河的主權移交給巴拿瑪共和國。
1981年7月31月，促成條約的巴拿瑪領袖因飛機失事而喪生。
而在1981年5月24日，厄胍多爾總統同樣飛機失事。
有消息稱，這些都是出自米國情報局之手，背后是里根總統，他于81年1月20日上任。
巴拿瑪領導人去世后，巴拿瑪軍方控制了局面，三經更替后，1983年新的領袖誕生，曼努埃爾·安東尼奧·諾列加，但他的底子不干凈，曾經參與販賣藥物。
反對派對此大加指控，他大肆鎮壓。
同時，米國就此對巴拿瑪實施經濟制裁。
1985年9月13日，指控他的一名醫生，曾經的衛生部副部長，被虐殺在哥斯大黎加南部的邊境線上，身體斬首，被閹割，指甲被撕掉。
這引起了全國的抗議，結果是當時的總統卻下臺了，新總統上任。
1988年2月，這位新總統試圖解除諾列加的軍事指揮，但他反而遭到了解職，最終逃亡到了米國。