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在北大，本科課程計劃主要分為兩塊：專業課和通選課。一般而言，專業課難度勝過通選課一籌。按照設想，任何一個元培學生讀大二、選定自己的專業方向后，之前選修的其他院系的課程都可替代通選課課程，修滿學分即可畢業。
對學生來說，諸如此類的規定無異于“自由待遇”外的枷鎖：根據興趣選課，一旦考試成績不理想，選專業時就會喪失一定的自由。
不少元培“過來人”，親歷了向“不自由”妥協的過程。北大03級元培法學方向學生張琬婷告訴記者，在元培實施的最初幾年，績點并不是一件被看重的事，“02、03級的學生大多數都是按自己的興趣選課，選難度大的課在當時是一個趨勢。”但此后，績點導向就越來越重。
“績點”標準的存在仍令學生們選課放不開手腳。
周文杰，2008年考入元培學院，現任北大13級元培學院班主任。他觀察到的情況是，學院里憑興趣廣泛選課的學生越來越少，許多新生一入校計劃性就很強。比如，大一第一學期，13級的新生選課集中于經濟、管理、數學、政經哲等領域，沒有學科跨度特別大的選課。
許崇任解釋，元培和各個院系的最大不同在于，傳統的專業院系可以不假外力地自我發展，而元培則經常需要學校在背后推一把，不斷制定適用于元培的各項特殊政策。“教授需要做研究，需要自己的研究生，那就必定要依托專業院系，光靠元培單方面沒有能力辦到。”
周文杰坦言，元培學院為學生提供的“自由”，從某種意義上說仍是一種“消極的自由”。“學生們要在完全不明白這專業是怎么回事的情況下，冒著風險去選課程，而且還得判斷這些課程能否觸及專業核心問題。”尤其對新生們而言，心理壓力一下子就上來了。
不久前，北大BBS上的一個帖子“火”了。發帖者稱，他提出了延長學制的申請，結果被學校教務處駁回，耽誤了他的保研計劃。
不久前，北大BBS上的一個帖子“火”了。發帖者稱，他提出了延長學制的申請，結果被學校教務處駁回，耽誤了他的保研計劃。
這名學生是元培10級的呂偉聰，在修完數學專業課程后，他希望能進行數學與計算機學科的交叉學習，因此申請延期。按照元培的教學計劃，學生享有彈性學制，可于3至6年間完成本科教育。可學校教務不予延期的理由是，這名學生的畢業學分已修滿。
經過協調，呂偉聰的申請最終被批準。但此事在元培內部仍引起后續討論：元培沒有擺脫“雙軌制”的麻煩，學院的一些教學制度，在學校層面得不到有效的行政保障。
雖然“雙軌制”并沒有隨著時間推移完全消失，但許崇任表示，元培學院是建立在生源多樣化基礎上的一種有益于本科教育改良的模式。元培的改革，針對高等教育的兩大突