這名學生是元培10級的呂偉聰，在修完數學專業課程后，他希望能進行數學與計算機學科的交叉學習，因此申請延期。按照元培的教學計劃，學生享有彈性學制，可于3至6年間完成本科教育。可學校教務不予延期的理由是，這名學生的畢業學分已修滿。
經過協調，呂偉聰的申請最終被批準。但此事在元培內部仍引起后續討論：元培沒有擺脫“雙軌制”的麻煩，學院的一些教學制度，在學校層面得不到有效的行政保障。
雖然“雙軌制”并沒有隨著時間推移完全消失，但許崇任表示，元培學院是建立在生源多樣化基礎上的一種有益于本科教育改良的模式。元培的改革，針對高等教育的兩大突出問題：學生過早進入專業學習導致知識面偏窄；大多數學生盲目選擇專業，學習后出現落差。
“北大就是要將相同的學生培養成不同的人。”許崇任稱，元培為學生們提供了更多的選擇機會，它不一定適合所有學生，但有其存在的必要性。”
4、通識課程的邊緣化
無論“通識”還是“博雅”，字面上都強調知識廣博。中國大學在開展通識教育時，一個常見做法是要求學生選修本專業之外的課程。
北大開設了五大類通選課程，涵蓋了數學與自然科學，社會科學，哲學與心理學，歷史學，語言學、文學與藝術，學生必須在每類中至少完成一門課程方能畢業。
這種做法部分參考了美國精英大學的課程表，其中最知名的當屬芝加哥大學為低年級學生的“核心課程”。
這種做法部分參考了美國精英大學的課程表，其中最知名的當屬芝加哥大學為低年級學生的“核心課程”。
核心課程包括人文學科、數學和自然科學、社會科學三大類科目，強調西方古典人文傳統、經典閱讀和批判性寫作，負擔重，標準高，絕不是學生可以在專業課程之外稍加努力即可過關的，因此芝大的學生實際在第三年才開始將全部精力放在主修課程上。
相比之下，一個北大學生畢業需要完成140學分，而通選課程僅占16學分，其余的是專業必修課、專業選修課、英語課、政治課。
低年級時學生的大部分精力耗費在專業課程上，到了高年級則忙于實習、找工作、申請海外研究生院和畢業論文，大學的有效教學時間實際上只有三年。
北大老師為通選課投入了相當的熱忱和心力，執教通選課的老師不乏國內相關領域的一流學者，但缺乏核心課程這一制度保障，意味著通選課至多是專業課之余的調劑，元培的學生并沒有特殊待遇。
一般來說，美國頂尖大學的學生每學期需要完成三到四門課程，但每門課程會附帶可觀的作業和閱讀，而中國大學生的普遍一學期要學習八到十門課程。
中國大學生并不比美國同齡人更努力，課程數目加倍，只能犧牲完成質量，每學期的一兩門通識課完全有可能淪為形式主義。
學習任何學科都需要考察知識發展之歷史。
5、例如北京大學2001年9月制定并實施“元培計劃”。自2002年開始修訂了新的教學計劃，在全校本科生范圍內實行自由選課制度。在課程設置上，除專業必修課、全校必修課、公共選修課之外，設置通選課。通選課包括數學與自然科學、社會科學、哲學與心理學、歷史學、語言學與藝術等5個領域的若干課程。本科階段基本形成“通識教育+寬口徑專業教育”課程模式。
復旦大學從2005年新學期開始把全校68個專業整合成人文、法政、經管、自然科學、技術科學、數學、醫院等7類，新生在大一先入復旦學院學習，一年后再進入專業院系學習。學院按培養目標重構了課程內容體系，建立了綜合教育、文理基礎教育與專業教育的課程框架。
清華大學2014年成立的新雅書院，其辦學理念和教學方案等，都在極大程度上借鑒了美國自由教育或通識教育模式。
美國：
1、在美國經典的文理學院，所有核心課程被設計為包括人文、社科、自然科學在內的三大體系，低年級的學生們在這些課程中自由選擇，高年級則主修其中屬于自己專業的課程。由于學生與教師人數接近，因此課程大都為小班討論，老師與學生甚至可以自己設計課程、設計學分。
2、美國的大學課程可以分為三類：