自從拿下魏忠賢后，朝堂的形式可以說是風起云涌，每日里無數的彈章涌向朝廷，皆是彈劾魏忠賢一黨。
不管是御史，還是朝堂里其他官員，甚至是各省府縣官員，也都紛紛往朝廷送上彈章。當然，很多人的目的不是真的為了彈劾閹黨，更多的人是想通過這種方式和閹黨劃清界限。
畢竟，當初魏忠賢權傾朝野的時候，不僅朝堂，地方的官員也紛紛阿附諂媚，為魏忠賢建生祠的地方官不在少數。當然，現在那些建起的生祠紛紛被搗毀，建生祠者搖身一變又成了倒閹的急先鋒。
朝廷中，魏忠賢閹黨鐵桿如“五虎”、“五彪”、“十狗”除了朱由檢要用的許顯存和發配遼東效力的田爾耕，其他人皆被拿下問罪，六個尚書全部拿下。朱由檢已經下旨，凡是被拿下者一律罷官抄家，不僅僅是京師的家，還包括其籍貫的老家。
對文官們來說，京師只是當官任職的地方，京師內的家不會有太多財富。文官貪婪是眾所周知，但很多人畢竟還要些臉面，貪的銀子不會公然用在京中，更不會在京中建豪宅，而是把銀子運回老家，而他們依仗官身接收投獻、搶占兼并的田地，也都在其老家一帶。
所以僅僅抄了其京中的家根本抄不了多少銀子，朱由檢便派出西苑禁衛里的勛貴紈绔子弟，帶著大量錦衣衛前往犯官們的老家。
不過也僅此而已了，朱由檢不想和上一世那樣，把清查閹黨無限制的擴大。
彈劾的奏疏每天都很多，便是內閣的幾個大學士也都受到了彈劾，若是追究下去，朝堂又會為之一空，到時頭疼的還是朱由檢自己。
朱由檢下旨，清查魏忠賢一黨之事到此為止，任何人不得再以黨附魏忠賢之事進行攻訐。
“魏忠賢僅僅一人，得勢不過三四年時間，豈有天下官員盡出其門者？朝廷官員皆進士出身讀圣賢書，豈有那么多人忠奸不分？魏閹一倒，無數人跟風彈劾，為公義亦或為私利乎？國事多艱民生積弊，各司官員應各盡其職盡忠職守，而非把所有精力都用在攻訐之上！”
朱由檢親自寫了圣旨，以邸報傳發各省。他再也不想看到上一世朝堂之上的亂局。
隨著朱由檢的圣旨傳發各省，攻訐閹黨的勢頭漸漸止住。曾經阿附過閹黨的官員終于放下心來，而欲要接著這個機會干掉閹黨一派好從中漁利的東林黨官員也只能暫時偃旗息鼓。
于是，所有人便都把目光盯在朝堂上空出的位置。
六個尚書，大部分侍郎，正三品以上的官員便空缺了十多個。各方暗潮洶涌，符合任職條件的官員各自專營，拼命想拿下這些位置。