毛文龍有沒有異心？也許真有。
據御史奏報，毛文龍曾發出狂妄之言，說據皮島下登州，攻下南京易如反掌。可見其狂妄和大逆不道。
以文御武是大明傳統，可自從登萊巡撫袁可立去職后，再無人能御毛文龍，對朝廷的命令，毛文龍開始陰奉陽違，滿足于割據皮島，再沒了攻取遼東之志。所以若說毛文龍會割據皮島自立，是誰也說不準的事。
所以孫傳庭不殺毛文龍，但必須把毛文龍帶走，不使他再回東江，不讓其再和手下將領軍隊匯合。
蛇無頭不走，沒了毛文龍，皮島諸將自然也鬧不出什么幺蛾子，孫傳庭便可以以皮島總兵位置和錢糧為誘餌，使皮島諸將老實聽話。
東江軍諸將能為了利祿拋棄姓氏拜毛文龍為干爹干爺爺，也不是什么忠義之輩，根本不可能為了毛文龍和朝廷作對。更何況毛文龍并沒死，而是去浙江當總兵。相對于荒涼的皮島，浙江可謂繁華富裕之地，又不用打仗，在大部分人看來，去浙江當總兵當然比皮島好上很多倍。
所以東江軍諸將，毛文龍的那些干兒子干孫子們，只會對毛文龍的去職表示羨慕，又豈會因此作亂？除非這些人一開始就有反心。
而另一個時空，袁崇煥督師遼東，卻采取直接殺了毛文龍的辦法，手段更加強硬，后患更多。
袁崇煥當時手握薊州、遼西、東江、登萊四鎮，掛兵部尚書銜督師遼東，手握尚方寶劍，就權勢來說，絕對是第一封疆大吏。他完全可以采用溫和的辦法處置毛文龍，卻偏偏直接把毛文龍殺死。
當然，殺了就殺了吧，也不算什么，只需要一段時間，慢慢整頓東江即可，憑借袁崇煥的權力和朝廷的威嚴，做到這些還是很容易的。而毛文龍的被殺，一開始在皮島也沒掀起什么風浪，皮島諸將，毛文龍的干兒子干孫子們也沒有誰說為毛文龍報仇，反而一個個盯著皮島總兵的位置。
但老天爺沒有給袁崇煥整頓東江的時間，建奴很快繞道蒙古入侵，打到了北京城外，崇禎帝一怒之下，把袁崇煥收監處死，而袁崇煥整頓東江的計劃再也無法施行。
接下來時間，朝廷既要面對窮兇極惡的建奴，又要派兵圍剿造反的陜北流民軍，哪有精力去管遠在千里之外的皮島，只能讓皮島數萬軍隊、十多萬百姓自生自滅。
當然，有人說建奴之所以會繞道薊北入侵，是因為毛文龍被殺，建奴再無后顧之憂，若是毛文龍不死，建奴不敢繞道蒙古。