六月初一華軍登陸艦隊趁著漲潮強行通過水下封鎖線，幾艘新式重型炮艦直接從水下沉船上方駛過，壓開一個通道，舊式艦艇立刻從這個通道涌入港口。
海盜軍隨后發起大規模反擊，至少五十艘裝有各種型號的鐵炮、銅炮、木炮的炮艦掩護大約兩百艘小型火攻船強沖擁擠在封鎖線內的華軍艦隊。
華軍新型炮艦部隊側舷對敵，組成一條戰列線，向敵軍傾瀉最大火力。
水兵也在船舷邊緣使用步槍增強火力，最后華軍用一些舢板系留在炮艦前方，阻擋火攻船靠近。
雙方激戰兩個時辰，所有火攻船損失殆盡，五十艘海盜炮艦有11艘被擊沉，17艘被俘，其余退回港內。
華軍損失六十艘舢板，另有一艘炮艦被焚毀，35人陣亡，33人受傷。
當天下午華軍發起對基隆的登陸作戰，華軍登陸之后，海盜在陸地上組織兩次反攻，但沒有取得任何成績。
六月初三，華軍已經完成對基隆的合圍。
六月初四清晨，天降大霧，海盜軍發起最后一次大規模海上反擊作戰：大約二十艘炮艦掩護三十多艘小船，趁著大霧偽裝成華軍艦艇，接近華軍炮艦部隊，隨后發起跳幫作戰。
海盜們一度跳上幾艘華軍炮艦，然而他們很快就被米涅槍手和發射霰彈的輕型甲板炮一一射殺。
縱使如此，此次接舷戰也是海盜軍交換比最好的一次戰斗：海盜軍損失兩百人，華軍損失七十人。
不過，被偷襲后，暴怒的華夏海軍對附近的海盜船進行持續追殺，至少三十艘大小船舶被擊沉，其余潰散——這次華軍沒有保留俘虜。
六月初六，華軍發動對基隆的總攻，當天攻克基隆。
攻克基隆后，華軍在本地進入休整，同時躲避臺風季節。
一直持續到十月初，華軍才再次發動進攻，這次華軍海陸并進，十月初五占領淡水，兩天后占領南嵌，十月十二占領南墅，十五日占領新港，二十二占領崩山。
十月二十三，海盜軍糾集最后主力兩萬余人，外加本地巴布撒社、貓霧悚社等獵頭族獵人八百，在大甲溪一帶進行陸地上的最后一次反擊作戰。
這次反擊迅速被華軍炮兵擊潰，密集的霰彈和新型爆破彈發揮出巨大威力，海盜和獵頭族聯軍死亡九百余人，被俘兩千多人。
隨后，羅海濤按照華軍傳統，在當地獵頭族中實行選五殺一令，大約十天時間內，華軍殺戮當地人五千以上，超過七千人被賣為奴隸，一直把所有獵頭族全都殺進原始森林才算停止。
接下來，華軍的繼續進攻中，和安雅社和西拉雅社的獵頭族受到震懾，拒絕為海盜作戰，使得華軍迅速通過臺島南方獵頭族社區分布密集的地帶，與十一月初一抵達海盜軍最后的大本營東寧。
此時，海盜軍在東寧到打狗一帶還有兩萬多兵，但大部分是屯田的農民征召而來，他們到臺島只是為了混口飯吃，沒人愿意為海盜戰斗到底。
何況海盜們自己的戰斗意志也已經很成問題了。
十一月初三，在華軍完成對東寧的包圍之后不久，最后的海盜軍主力升起白旗，向華軍投降。
至此，臺島已經納入華夏的統治。