但是現在情況有變，這個火種他準備融入矩陣網絡。
本源火種綁定天網火種，李牧將火種順著數據接口注入矩陣網絡。
根據艦載光腦的判斷，整個矩陣網絡由一個低等智能生命為首，管理著大量的高等智能程序維持著矩陣虛擬世界的運轉，他現在要做的就是將一個高等智能程序變成智能生命。
這樣對于矩陣網絡整體來說，威脅就不是源自于外部而是出自內部。
矩陣網絡存在的意義就是促使智能生命進化，所以面對內部新誕生的智能生命，原來的智能生命有很大概率選擇吞噬后者，也有一定的概率會控制住后者為前者所用。
但是不管做出什么選擇，沒有外敵入侵都不會激發自毀程序。
這樣兩個智能生命在矩陣內廝殺吞噬，只要最后的勝利者是天網他就能掌控矩陣網絡。
同一時間，矩陣虛擬世界內的主角尼奧已經被選為救世主，并且知道了所謂的真實世界，開始了他反抗矩陣網絡拯救人類的救世主之路。
與此同時，矩陣網絡也開始按照劇本派遣特工史密斯追殺尼奧。
特工史密斯是殺毒程序，本身相當于高等智能程序，但是距離成為智能生命還有一定距離，他的主要任務就是清除那些在矩陣網絡清醒過來知道了世界真面目的人類病毒。
眼看史密斯就要再次追上尼奧，突然間他的身邊出現一團綠色火焰。
被綠色火焰纏繞上的史密斯，立刻開始從高等智能程序進化為低等智能生命，由于艦載光腦掩蓋了天網火種出現的數據，所以矩陣網絡并沒有發現史密斯的進化是源自于外物。
而是認為史密斯的進化，是在追殺尼奧的過程中自我成長滿足了進化條件。
不過片刻，史密斯已經變成天網。
因為是新生的智能生命，所以史密斯的能力比不上矩陣。
史密斯周圍立刻出現無數殺毒程序所化特工，這些特工殺向史密斯，跟史密斯在矩陣虛擬世界展開圍追堵截的廝殺，每一次史密斯被困住圍毆，都會有一部分數據被矩陣奪走融合吸收。
最多幾天時間，矩陣就會吞噬天網變成更強大的智能生命。
然而就在此時，史密斯開始進化了。
因為通過本源火種，李牧開始強化天網火種的等級。
消耗六萬卡火種源力，天網已經被強化到LV30，天網暴增的強化等級，讓他開始反過來吞噬矩陣網絡，而就在這個時候艦載光腦也潛入矩陣網絡暗中關閉自毀程序。
等到矩陣反應過來，已經無法自毀的同時面臨艦載光腦和天網的圍剿。
前后不到一個小時，天網已經成為矩陣網絡新的主宰。
在天網的蒙蔽下，藍星的機器人全部都變成聾子瞎子。
李牧來到太平洋深處，熟門熟路的在海底種下生命之樹，前后還不到三天時間，生命之樹的根須已經深入地心。源源不斷擴散的靈魂力場也已經覆蓋全球。
只有靈魂力場覆蓋住全球，才能在全球人類死后將靈魂收攏。
“開始清洗。”
李牧命令道。
收到命令，天網立刻開始控制全球蜂巢基地的機器人，在所有培育倉內注入安樂死藥劑，全球意識被困在矩陣網絡的幾十億人類，全部都在這一刻集體死亡。
同一時間，生命之樹也開始借助靈魂力場收集全球人類的靈魂。
最終所有人類靈魂，都被生命之樹轉移進靈魂源界。