1601年，明神宗下詔允許利瑪竇等人長居北京，作為歐洲使節被召命帶進北京紫禁城。至此他將一直擁有朝廷的俸祿，直到臨終。但大明朝廷根本沒有注意到，利瑪竇長住北京的目的是為了傳播基督教。
利瑪竇在北京以豐富東西學識，結交中國的士大夫。常與賓客談論天主、靈魂、天堂、地獄，同時編撰新書。1602年-1605年，出版《兩儀玄覽圖》第三版中文世界地圖，以及其他著作《天主實義》、《天主教要》和《二十五言》，得到不少中國知識分子的尊重。
到了1605年，北京已有200人信奉天主教，當中有數名更是公卿大臣。這當中最著名的，也是后來對利瑪竇傳教事業幫助最大的，當屬“圣教三柱石”——徐光啟、李之藻和楊廷筠。
徐光啟是南直隸松江府人，曾在南京與利瑪竇會面，之后入天主教。利瑪竇在北京期間，徐光啟正供職于翰林院，他與利瑪竇結下了深厚的友誼，二人協力翻譯了《幾何原本》和《測量法義》等著作。
李之藻是浙江仁和人，時任太仆寺少卿。他師從利瑪竇學習西方科學，之后也加入了天主教。他與利瑪竇合作編譯了《同文指算》等書籍。
楊廷筠是李之藻的同鄉，在北京擔任監察御史。楊廷鈞早年是虔誠的佛教徒，后在利瑪竇和李之藻等人的感召下受洗入教。
“圣教三柱石”身體力行實踐教義，他們勸說家人、朋友入教，為傳教士提供經費，并且在天主教遭受教難之時上疏抗辯，極力保護傳教士。
通過利瑪竇的不懈努力，天主教在中國得以傳播。利瑪竇留居北京之后，全國教徒人數驟增，涵蓋了平民、士大夫、皇親國戚等各個階層。
與此同時，西方的科學技術伴隨天主教傳入中國，中國的文化也由傳教士們帶到西方。
利瑪竇初到北京時，住在專門接待外國使臣的賓館中，隨后獲準在城內**房長住，并可以進行傳教活動。
利瑪竇選中了宣武門內的一塊土地，他在這里修建了一座教堂，這就是著名的南堂——北京地最古老的天主教堂。
利瑪竇建立南堂之后，在教堂里舉辦西方圖書和科學儀器的展覽，吸引了大批官員和儒士前來參觀，從而擴大了天主教在士大夫中的影響。
1607年，利瑪竇與徐光啟合作，出版了歐幾里德《幾何原本》的前六回的譯本。
1608年，印刷《畸人十篇》，并開始編纂他的歷史著作《基督教遠征中國史》。
1610年5月11日(萬歷三十八年)，因病卒于北京，終年59歲。
1611年，萬歷皇帝賜物利瑪竇安葬于平則門外二里溝的滕公柵欄。按照當時慣例，西方傳教士死后本應移葬澳門，但在內閣首輔葉向高等人的斡旋下，萬歷皇帝破例準許利瑪竇葬于北京西郊的藤公柵欄，使其成為首位葬于北京的西方傳教士。這是很高規格的待遇了。
韋寶在聽金尼閣講述了利瑪竇在大明朝一步步走上成功的故事之后，很是受到振奮！
比起洋人這些西學，韋寶覺得他的知識并不夸張，至少后世的文字與這個時候更加對口的多吧？洋人連洋文都能傳播過來，他的教育普及還有什么難度呢？
而且，事實上，韋寶在韋家莊推行的三年小學，兩年初中，兩年高中的，三二二義務教育體系是相當成功的。