在這之后，明軍被迫放棄了之前所占領的漠南地區，全面退守明長城以南。也先也于1453年登上蒙古大汗之位，成為蒙古歷史上唯一非黃金家族出身的大汗。
但是好景不長，在登上汗位的第二年，當時在脫脫不花汗時期任樞密院知院一職的阿剌因對也先不滿與之反目，遂起兵殺死了也先汗。
從此衛拉特部勢力瓦解，也先余部迅速退出東蒙古地區，也失去了對喀喇沁部的統治權。
此時，北元太師孛來擔任喀喇沁部新的領主，并率領喀喇沁部、阿速特部于1456年進人黃河河套地區。
期間翁牛特部首領毛里孩率部進入河套，毛里孩是成吉思汗同父異母弟別里古臺后裔。
1470年，元室后裔孛羅忽巴延蒙克濟農率鄂爾多斯部大批人馬進入河套地區，他們與喀喇沁部成為河套地區的新主宰。與此同時，衛拉特部的癿加思蘭也進入河套。
1480年，滿都海哈屯輔佐年方7歲的巴圖孟克即蒙古大汗位，號達延汗。
為了消除衛拉特部對汗廷的威脅，滿都海哈屯攜帶年幼的達延汗并親自率領大軍征戰衛拉特部，經過近30年的奮戰，達延汗在滿都海哈屯的輔佐下，終于在1510年再度控制了蒙古諸部，并將蒙古劃分為左右翼六萬戶。
其中鄂爾多斯、土默特、永謝布為右翼三萬戶。
察哈爾、喀爾喀、兀良哈為左翼三萬戶。
為了加強對蒙古右翼的控制，在1510年，達延汗派遣自己的次子烏魯斯博羅特前往右翼蒙古擔任濟農，并在鄂爾多斯八白宮前即了濟農之位。
但是右翼永謝布領主亦不刺、鄂爾多斯部領主滿都賚等為首的大封建主看到達延汗的統一事業，妨礙了他們手中的權力，右翼三萬戶起事叛亂。
1510年，達延汗親自率兵討伐右翼，經過“土爾根河戰役”和“達蘭特哩袞戰役”，平定了以右翼永謝布領主亦卜剌為首的叛亂。
平定了右翼的叛亂以后，達延汗將右翼三萬戶分封給了自己的子孫。
他把右翼三萬戶統帥權交給三子巴爾斯博羅特掌管并封為濟農，也就是副汗，令其坐鎮鄂爾多斯萬戶。
后來，巴爾斯博羅特再次為其諸子分封領地時，其第四子巴雅思哈勒分得了右翼永謝布萬戶，掌管了喀喇沁、阿速特等鄂托克。
從此，巴雅思哈勒成了喀喇沁部的領主，喀喇沁部也成為黃金家族世襲領地和屬民。
他的兩個哥哥之一袞必里克濟農分得了鄂爾多斯萬戶，阿勒坦汗分得了土默特萬戶。
據《九邊考》記載，這時的喀喇沁部活動地域已經從鄂爾多斯地區遷出，駐牧于宣府張家口、獨石口邊外。
這一帶已經深入到了兀良哈三衛的駐牧地域。
巴雅思哈勒成為喀喇沁部的領主并深入到兀良哈三衛駐牧地以后，兀良哈三衛開始和喀喇沁部發生了十分密切的關系。
在16世紀40年代初期，兀良哈三衛中的朵顏衛在其領主恩克兄弟9人的率領下，舉部攜帶成吉思汗母親訶額倫祭祀宮帳歸附了成吉思汗黃金家族。
阿勒坦汗將恩克兄弟5人所部賜予其弟巴雅思哈勒昆都侖汗，成為喀喇沁部兀良哈人的來源，將恩克弟弟4人所部收為己有成為阿勒巴圖，屬民，由阿勒坦汗長子辛愛黃臺吉統領，他們進而成為后來的東土默特部的兀良哈人。
以恩克為首的一部分朵顏兀良哈人歸附喀喇沁部后，奉喀喇沁部首領巴雅思哈勒及其后裔為自己的領主。
17世紀初葉，林丹汗即蒙古大汗位。
當時大明王朝的北部處于十分復雜的政治格局。
在東北，建州女真已經逐步崛起，使女真族從蒙古的附庸逐步變成蒙古的強大政治、軍事對手并建立了后金國。