御史張宸極上書朝廷說：“賊寇是從陜西來的。陜西將領曹文詔素有威名，士紳百姓為他編歌謠稱贊說：‘軍中有一曹，西賊聞之心膽搖。’而且他曾經在山西立過功，陜西的賊寇已消滅殆盡，應該下令讓他進入山西幫助圍剿賊寇。”于是朝廷命令山西、陜西的各位將領一同受曹文詔指揮。
崇禎六年正月，曹文詔抵達霍州，在汾河、盂縣打敗農民軍，又乘勝追擊到壽陽。巡撫許鼎臣派遣謀士張宰在大軍趕到之前先期嘗試著跟農民軍戰斗，賊寇給驚退了。
二月，曹文詔追擊他們，在碧霞村殺了混世王，剩余的農民軍被猛如虎驅趕跑，在方山同曹文詔的軍隊相遇，又被打敗，五臺、盂縣、定襄、壽陽的賊寇都平定了。
許鼎臣命令曹文詔駐軍平定，防守太原的東部，命令張應昌駐軍汾州，防守太原西部。曹文詔接連又在太谷、范村、榆社等地打敗農民軍，太原的農民軍差不多被剿平了。
朱由檢因為曹文詔立功最多，命令他所經過的地區多積攢糧草犒勞他的兵馬，并且敕令曹文詔盡快鎮壓農民軍。山西監視軍情的宦官劉中允上書說：”曹文詔在徐溝、盂縣、定襄圍剿賊兵時，這些地方的主管部門不但不給他們稻米，反而用大炮打傷他們的士兵。“朱由檢就把此事交給御史察問。
三月，農民軍從河內登上太行山，文詔在澤州打敗了他們。賊兵逃往潞安曹，文詔到陽城遇到農民軍沒有打擊它，而是從沁水偷偷地出兵拐回來。在芹地、劉村寨襲擊他們，斬獲了千余首級。
四月，農民軍屯兵潤城，另外的隊伍又打下了平順，殺害了知縣徐明揚。
曹文詔一到，農民軍就撤退了，于是曹文詔半夜里襲擊潤城，斬獲農民軍一千五百人。
紫金梁、老回回從榆社逃往武鄉，過天星逃往高澤山，曹文詔都趕去把他們打敗了。
另外的賊兵圍攻涉縣，聽說曹文詔打下了黎城，就趕忙解圍離去。
五月，朱由檢派宦官孫茂霖做曹文詔軍中的中軍官。
農民軍攻打沁水，曹文詔把他們打得大敗，活捉了他們的首領大虎，又在遼城毛領山西面打敗了他們。
農民軍在屢次戰敗的情況下，避開曹文詔的主力，大都流向黃河以北去了。
朱由檢帝于是命令文詔移兵前去討伐。
而農民軍已在林縣打敗了鄧玘的軍隊，曹文詔率領五營兵力夜晚出襲，打敗了他們。
七月又在柴陵村打敗了懷慶的農民軍，斬殺其首領滾地龍，又在林源追殺了老回回。
曹文詔在洪洞時，同當地休閑在家的御史劉令譽不和。
到這個時候，劉令譽來按察河南。
四川石石主土官馬鳳儀的軍隊在侯家莊被打敗，靠著曹文詔的快馬趕到才打退農民軍。
戰斗結束后曹文詔剛剛解甲休息，同劉令譽見了面，說話又不投機。
曹文詔拂衣而起，當面斥責了他。