此時，圣母的身影再次出現，這次是坎庫克社區的一名村民看到圣母顯靈，這被起義軍解釋為新的信息，起義軍為了保護這位“與圣母溝通的媒介”，組建了“圣女兵團”，匯集了32個策爾塔爾人、左齊爾人和喬爾人社區，隊伍中有三千名民兵。
圣女兵團通過半秘密的宗教活動來招募支持者，從而使原住民堅持自己的組織結構，也保持了與王室相對獨立的特性。
后來，在西班牙人的挑撥離間下，族裔間的沖突、領導人被收編，以及新西班牙軍隊的殘酷打擊，結束了“坎庫克共和國”。
1727年，西班牙人逮捕了起義的肇事者及其子女，不使叛亂的種子逍遙法外。殖民者為了讓起義者記憶中保留失敗的印記，報復西班牙人被殺，并割下所有起義者的同謀者一只耳朵。
整個19世紀和20世紀，瑪雅原住民的抵抗時而公開，時而隱蔽，但始終存在。該地區的原住民和整個美洲大陸的原住民一樣，經歷了浩劫，大部分人口被滅絕，是為人類歷史上最大的種族滅絕。
但是，無論是通過加入獨立軍的行列，還是通過在革命期間加入薩帕塔領導下的南方解x軍，恰帕斯的原住民仍然積極參與了墨西哥建國偉業。
拉丁美洲的原住民，特別是恰帕斯原住民，在長期殖民戰爭中，并沒有丟失自己的身份認同。社會清洗與種族滅絕政策，卻加強了原住民的社會凝聚力和集體意識。
值得一提的是，征服、殖民主義和新殖民主義的戰爭在文化和意識形態層面上大致是失敗的，其無法把西方理性作為唯一的思維方式，或者將天主教作為唯一的精神表達方式，強加給原住民。
二次大戰后，為了加強天主教會，教皇約翰二十三世召開了第二次梵蒂岡會議，在1962年至1965年期間舉行。
在那次會議上，天主教內部古老的分歧浮出水面，特別是“反現代主義”和“現代主義”之間的分歧。作為這次會議的一部分，教皇保羅六世呼吁拉丁美洲主教團更新其愿景和做法，使之與現實更加一致。
為了響應這一號召，1968年8月和9月在哥倫比亞麥德林舉行了第二屆拉丁美洲主教大會。這次會議的組成、討論的問題和得出的結論，對天主教會產生了全球性的影響。
麥德林會議期間表達的許多觀點，主張教會應譴責第三世界政府對窮人的系統壓迫和剝削。與會者同意不僅要譴責剝削和壓迫，而且要行動，以任何必要的方式幫助，以有組織的方式，使貧困的人們能夠成功地改變其貧困狀態。
麥德林會議的結果鼓勵宗教和非宗教人士深入研究教會在拉丁美洲的作用，研究這個大陸的特點，即由殖民主義和資本主義的物質生產結構產生的明顯的剝削關系，這個也被稱作“解放神學”。
解放神學的出發點是對現實和帶來這種現實的歷史進程的具體分析，但總是在神學層面上。解放神學認為貧困是主體之間相互承認的否定，一個有窮人的社會是一個沒有上帝的社會。
這種上帝的缺席存在于有人哭泣的地方，上帝的缺席存在于窮人身上。窮人是缺席的上帝的存在，上帝有效存在是由不存在來的。
出于這個原因，解放神學家選擇幫助窮人，讓他們脫離貧困狀態，讓所有主體得到承認刪掉了一段
這樣一來，拉丁美洲出現了馬克思主義和天主教之間的共生關系，解放神學家們對成為教會層級結構的一部分不感興趣，工作更注重社會組織，與窮人和無產階級一起。
隨著辯論超越了話語和知識層面，在實踐中，由基層教會團體組成的運動日益壯大，在巴西和尼加拉瓜甚至發展成為政黨。
墨西哥的基層教會團體起源于最貧窮的農村和城市地區，在遭受剝削、饑餓、壓迫和痛苦的社會政治和經濟現實中。主要行動者是原住民和農民、工人、失業者，他們在牧師、宗教人士的陪伴下，致力于優先選擇窮人，是墨西哥教會的希望種子。
基層教會團體和圣克里斯托瓦爾德拉斯卡薩斯教區，在原住民社區發揮了重要作用。他們積極參加了1974年第一屆原住民大會，教區的工作加強了原住民的內部組織，促使他們與該州、墨西哥和世界的類似組織建立聯系網絡。