福建方面的水師是由副總兵提調，下設參將。福建也設備倭都司，不過這個都司沒有戰船，有戰事須報福建副總兵，再由副建副總兵部署。包括澎湖巡檢司也是如此。
簡而言之，當下不管是南方的水師，還是北方的水師，名義上都無法獨立作戰，均由當地總兵、參將提調。
唯一有獨立性質，和海事有關聯的則是廣東和福建的市舶司。
沿海各地的市舶司原先不止廣東和福建這兩處，而是有多處。永樂年間甚至還在安南和馬來等地設有市舶司，都是由內臣提調。不過此后兩百年，市舶司不斷被廢，廣東和福建這兩處市舶司也是經歷幾廢幾立。
市舶司本質上其實就是海關，職責就是管理海上對外貿易。有意思的是，廣東和福建的市舶司是十三年前由地方巡撫奏請復立的，而市舶司上交內庫的稅收卻是很少。
這個現象就很有意思了，和吳淞水營的官兵寧可過窮日子，也不敢參與走私一樣，讓人十分的意外。
甭管哪朝哪代，海上貿易都是官府為主，南宋更是將這海貿做到了國庫大半收入的程度。可以說，沒有南宋繁榮的海貿，就根本沒有南宋的存在。
到了當下大明朝，這海上貿易也很繁榮，每年流入大明的白銀如流水一般，偏就朝廷沒從中得到多少錢，連水師也沒法從中分杯羹，這就令得魏公公不能不沉思，皇家海軍成立之后，他的首要敵人到底是還沒成氣侯的紅毛鬼呢，還是已經閉關鎖國的日本，亦是那些海上的強盜，還是如同他一樣的體制中人呢。
選擇對的敵人，才能成功。
經過多方面了解的魏公公對于敵人到底是誰，心中是有了些數，現在，他就要磨刀了。
經過反復權衡，魏公公決意徹底改革海軍舊有指揮體系，首先就是將吳淞水營所有戰船和人員組建為皇家海軍機動支隊和留守支隊。
機動支隊即由能出海的戰船組成，留守支隊由不能出海的戰船組成。
有鑒于暫時無法尋找新的駐軍基地和港口，海軍的一切供應都要從吳淞口獲得，所以，至少在一年以內，吳淞口這里，魏公公是不能放棄的。要不然，他的船隊很可能無法從其它地方獲得補給。
機動支隊由魏公公親自提調，暫委千總王大力為支隊長，加總兵銜。千總陸鳳為副支隊長，加參將銜。
機動支隊由52艘戰船組成，官兵3200余人，由原廣東水師官兵1600余，揚州兵300余，松江兵300余，徽州兵200余，魏公公直屬親兵營并步軍左營千余人組成。
支隊計有三桅炮船3艘，福船6艘，樓船11艘，蒼船9艘、海舫14艘，其余船只9艘組成。
除原各船配大炮116門，佛朗機炮162門，虎蹲炮210門，大桿子銃及其余輕重銅炮314門外，魏公公又將從軍器局采購來的火器盡數配給機動支隊，使得機動支隊的火器優勢較未整編前的吳淞水營強了三倍有余。并且，這一次他們根本不用擔心火藥不夠，因為，魏公公有的是藥子。
這意味著，只要不是國戰，在東亞這片海域，魏公公真的能橫掃一切牛鬼蛇神。
落日下的大明水師，依舊是東亞最強的海軍。