山本五十六的座機沒有在預定時間降落沖繩機場，這令沖繩方面的日軍大為驚恐，急急忙忙地向更高一級匯報。
但他們很快就收到了大本營的命令，此事絕對保密，不允許向外界透露哪怕一個字。
知情的日本海軍官兵變得前所未有的恐懼，他們感覺天都塌了。
但是在平常生活中又不能表現出任何異常，這讓他們十分難受。
最先得到消息的是東條英機、小磯國昭、板垣征四郎、杉山元等人。
幾個老鬼子難得地湊在一起，并且達成一致意見
山本五十六墜機之事對民眾和軍隊絕對保密。
同時將此事件命名為“海軍甲事件”。
由東條英機進入皇宮，將海軍甲事件的具體經過報告天皇。
裕仁長久地處于震驚和茫然之中，根本不愿意相信自己聽到的消息。
海軍大臣、聯合艦隊司令山本五十六就這樣離他遠去了。
東條英機盡可能地安慰震驚恐懼的裕仁天皇。
裕仁渾渾噩噩地從東條英機的身旁走過，自始至終未發一言。
4月12日凌晨5點，日本人在無名島嶼的雨林之中找到了山本五十六座機的殘骸。
殘骸遍布的范圍十分廣泛，最開始的時候搜尋人員連人體組織都沒有找到。
12日中午之后，相繼發現了一些人體器官。
下午14點左右，搜尋人員在最大的一處殘骸附近找到了一只握著軍刀的斷手。
帶隊軍官從軍刀上判斷，這便是山本五將唯一遺存下來的身體組織了。
參與搜尋的日本人心情沉重，他們對著那只握著軍刀的斷手鞠躬，有人泣不成聲，哭得昏天黑地。
握著軍刀的斷手被原樣保存，于13日送抵東京。
內閣成員以及海軍高級將領南云忠一等人悲痛地參觀了山本五十六的斷手。
啜泣之聲不絕于耳，有人歇斯底里的吼叫，要向華夏人復仇。
海軍甲事件處于絕對保密狀態，不可能在這個時候復仇。
知曉事情經過的日本人只得忍氣吞聲，默默悲傷。
山本五十六對于整個聯合艦隊、整個大和民族來說太過重要，東條英機擔心軍隊和民眾會因此喪失斗志和抵抗到底的決心。
要盡可能地向世界隱瞞海軍甲事件，直到瞞不住的時候。
但這個時間點比東條英機等人預計的來的更早。
太平洋艦隊方面，由于擔心日本人知曉他們破譯了對方的密碼，沒有向外界公布山本五十六座機被擊落的打算。
這件事情也不是太平洋艦隊做的，尼米茲和麥克阿瑟不愿為他人造勢。
與老美的瞻前顧后不同，華夏方面無所顧忌。
很明顯，這是一次有預謀的、有針對性的襲擊。
結合之前多套密碼被破譯的經過，日本人很快就能想到山本的陣亡是因為新密碼被華夏人所破譯。
因此江東認為保密是沒有必要的，應早早將這個好消息向全世界公布。
行動結束后的第2天，即1943年4月13日。
北平廣播電臺、軍隊軍報，同時向外界公布于巴士海峽附近擊落日本聯合艦隊司令海軍大將山本五十六座機的消息。
軍報同時還刊登了幾張由偵察機拍攝到的現場照片。