關原合戰后小西行長被斬首，領地遭改易，家臣們紛紛四散成為浪人，四郎時貞從小就居住在長崎港，虔誠地信奉天主教，并向旅居日本的荷蘭人學習過西洋醫術。
北九州地區是天主教傳播的中心區域，戰國后期有大量平民甚至武士都皈依了天主教，這些人在“大殉教”后都被迫潛伏了下來，趁著這次動亂再度抬頭。因此固守島原城的并非僅僅數萬農民，其中也摻雜了很多信奉天主教的浪人，四郎時貞便是這些浪人們的領袖。
天草四郎自小聰穎過人，有神童之稱，且外表俊秀。有一位相士曾對天草說：“閣下面相尊貴，本應掌握天下，只可惜生在德川時代，難成大事。”
高聳的城墻是冷兵器時代城市的標志性，島原城是位于長崎縣島原市的一座日式城堡，它城郭的形式大體上是長方形的，高且堅固的石垣是其特征。水堀圍繞著本丸，用二之丸和走廊形式的木橋相連。如果破壞橋就能使本丸孤立，反過來成為袋中的老鼠的狀態，而且因為走廊橋，防備上弓箭很難射得到。
同樣的事例還有高松城的天守閣，這些城堡如今已經是日本的象征。
火山灰和熔巖流變成的土地確實堅固，但是施工起來很困難，繁重的勞作和重稅引起了島原之亂，最終德川幕府將松倉氏的領地沒收。
這種土地沒法耕種糧食，三代將軍家光在位的1637年秋季，島原半島及其南方的肥后國天草群島鬧起了大饑荒，可是松倉勝家仍然按照舊例征收年貢，并將交不起年貢的數名農民殘酷處死。
農民們生活在死亡邊緣，已經沉寂很久的天主教信仰隨之再度抬頭，秘密信教以逃避殘酷現實的百姓越來越多。
此事為松倉勝家所查知，就在領內搞了一次大清洗，逮捕了很多教徒，要他們舉行“踏繪”的儀式。所謂“踏繪”，是指將刻有耶穌受難像的木牌扔在地上，讓懷疑為教徒者用腳去踩，肯乖乖從命的定非天主教徒，或者雖是教徒卻有心悔改，否則就將被處以火刑。
階級壓迫和宗教迫害雙重利刃就此加在島原百姓頭上，他們無路可走，被迫鋌而走險。先是島原有馬村紛起一揆，殺死了松倉氏的代官林兵右衛門，并且攻破藩武器庫，團團包圍住了松倉氏的本城——島原城。
然后天草群島也爆發一揆，與島原一揆南北呼應。前來鎮壓的幕府將軍重昌一開始并沒有把他們放在眼里，認為那些作亂的農民無拳無勇，根本不懂打仗，如何會是幕府軍的對手？
然而一連發起兩次總攻都未能得手，己方反而損失慘重，重昌這才意識到原城中定有深通兵法之人存在。
松平信綱素有智謀，人稱“智慧伊豆”，他在仔細觀察了前線形勢以后，認識到原城防御堅固，一揆作戰英勇，絕對不能硬打硬攻。于是信綱就指揮著黑田、鍋島、立花、細川、水野、有馬等十數家諸侯聯軍，從陸路將原城牢牢地封鎖住，斷絕補給，想要把城中人全部困死，餓死。
當時天草四郎時貞還期望長崎的荷蘭人前來救援，然而在松平信綱的外交活動下，荷蘭炮船卻于一月十一日開到原城附近的海面，然后向城內連開數炮。
天主教有何可信？上帝又有什么用？同樣信奉所謂“上帝”的荷蘭人，不也背叛了嗎？
松平信綱的策略取得了效果，原城中糧草越來越少，但城中的信徒還在拼死抵抗。
天草四郎沒有趁機逃跑，擇機東山再起，而是留下一句名言：此刻死守此城者來世永為朋友。
最終幕府軍付出了死亡三千人，受傷上萬人的重大代價，然而原城終于還是被攻陷了。
城內剩余的兩萬余人，不論男女老幼，全都遭到殘酷的屠殺，天草四郎時貞等人也在其中，幾乎沒有一人能夠逃得性命。
明治以后，原城被廢城處分，建筑物等被撤去，變更為田地，在原址建設了一所學校。
滄海桑田只不過如此。