同月，天子束發，歸長安。太祖既至長安，群丑震怖，王允聯諸逆相約謀太祖，重申舊誓。未幾，與會者八人，出首者四也。
同月，聞西涼叛。
漢建安五年秋，七月廿三，太祖西征過長安，公卿請為大將軍，不應。將復請，外戚城門校尉董承、左中郎將伏完、右中郎將王斌憂之，相約為亂，起兵攻武庫不得，事敗見誅。左右復請殺王氏二子，并入宮處置董、伏二貴人。太祖喟然對曰：“吾負漢室行數載至此，雖得善始，不能善終，已多愧矣，焉能為區區意不平復違臣節？”左右雖應之，多不值也。
九月，過漢陽，涼州士民多自從之。
同月，破馬騰。
十月，降韓遂，令出玉門，經營西域。涼、臧十二州遂平。繼伐漢中。
十一月，天子出奔，自清明門東行，太尉劉虞在門前止之，伏地請歸，盡言不可行，不聽，再止，乃令矢之，中，然后匆匆之去。三日，虞遺子和曰：“吾聞前盧子干死是謂子曰：‘勿以惡小而為之，勿以善小而不為’，深然之，吾今亦有言欲以遺子，曰：‘勿以時窮而忘節，勿以勢起而亂性’，小子識之！”是夕瘡發，薨，妾梅氏亦作炭殉矣。天下議之，咸曰天子失德。
十二月，天子既走南陽，關中動蕩，士民皆望太祖歸。更有奏者，勸太祖進燕王位以安心。太祖以漢高祖皇帝白馬事，固辭之。
同月，漢中太守張魯孤身出斜道，降之。乃令趙云進駐漢中，都督漢中、武都二郡，又發楊秋引千騎為輔，然使魯為漢中太守。漢中遂定。
同月，太祖歸長安，先為虞發葬。
漢建安六年，元月，又令曹操、劉備及劉表請天子歸長安詳此事。不應，反罪太祖。
同月，百官再三請進燕公位，凡三辭，乃受，以燕公位代太子位行民主責，督十一州軍政務。并請于天子，且復請歸。
太祖既稱公，乃尊母為燕國太后，敕封其妻為燕國后，其余諸位夫人皆稱嬪。拜汝南呂范為首相，魏郡審配為左相，南陽婁圭為右相，此三相下，又為四相，分為鉅鹿田豐，北海王修，遼西韓當，潁川戲忠。