羅伯特·皮爾可能接任皇家學會會長的消息在艦隊街不脛而走，并立刻引起了科學家群體的強烈反彈。
地質學家亞當·塞奇威克撰文猛烈抨擊道：“如果學會的理事會準備成為一個純政治性機構，那么科學的地位將必然下降;屆時，我們將不可避免地匍匐在政治庇護者的領導下！”
而皮爾爵士在看見這樣的情況后，趕忙發表聲明宣稱自己無意競逐會長職務。畢竟他想取得這個頭銜是為了鍍金而不是為了惹得一身騷的。
科學家們在擊退了羅伯特·皮爾以后士氣大振，并順勢推出了自己的候選人——天文學家約翰·赫歇爾。
但一心想把會長職務換個肥缺的吉爾伯特當然不會同意這樣的做法，而且由于長期擔任學會的司庫，吉爾伯特也很清楚皇家學會的財務狀況到底有多糟糕。
他認為，如果皇家學會不能與政治緊密結合，那么將來學會將很難繼續取得足夠的政策支持與豐厚的財務贊助。所以選個政治家來當會長，這也不失為一種對科學研究的推動。
在這方面，吉爾伯特倒也不是光說不做。因為在他代理會長期間，皇家學會在財政方面的狀況大有改善。在吉爾伯特的主導下，皇家學會不僅成立了‘捐贈基金’廣收贊助，而且還從逝世的布里奇沃特伯爵那里得到了一筆高達8000英鎊的遺贈用于發展科學事業。
而在經過了一段長達三年的拉鋸以后，吉爾伯特終于決定光榮讓賢，他選定了一個他認為合適的人選——國王胞弟蘇塞克斯公爵，并聲稱自己將全力支持親王殿下當選。
不得不說，吉爾伯特這次推舉的人選很巧妙。身為上議院成員的蘇塞克斯公爵不僅可以在政治上為皇家學會爭取資源，而且還給皇家學會帶來了真正的王家光環。最重要的是，在諸多王室成員當中，身為自由主義者、倡導廢奴和廢除《血腥法典》的蘇塞克斯公爵在民間聲望極佳。
因此，哪怕是原先極其反對政客插手皇家學會的科學家們也出現了內部分裂。
有人堅持認為提名蘇塞克斯公爵擔任會長的行為是怠慢的，與牛頓留下的席位所不匹配的。
還有聲音高呼：“世界上并不存在一條通往知識的‘皇家捷徑’，為什么那些本該由學識授予的最高榮譽要存在捷徑？”
與此同時，也有一些會員對公爵抱有期待。
醫生兼古物學家托馬斯·佩蒂格魯就公開表態說：“公爵是一位愛國者，也是科學事業的長期支持者和贊助人，因此極其適合坐上這個位子，出任英國第一個科學機構的掌舵人。”
而會長選舉的投票過程也足以見得皇家學會內部的撕裂。
根據計票結果，蘇塞克斯公爵獲得119票支持，排名第二的約翰·赫歇爾則以111票憾負。
在上臺以后，蘇塞克斯公爵也深知手頭的活兒不太好干，為了贏得科學家團體的信任，他先后通過了重要改革。