與西寧衛設立相伴，地方武職官制建置體系相繼構筑，“明置都指揮以領衛所，置總兵、參將、游擊、守備以司攻守，又理以憲臣，監以御史，撫以都憲，統以總制”。
西寧地區“設鎮守西寧等處地方總兵官一員；中營中軍游擊一員，中軍都司一員；左營游擊一員；中軍守備一員；右營游擊一員；提塘守備一員”。營兵設“參將下中軍一，千總三，哨把總六，管火器把總二。游擊下中軍一，千總二，把總二。守備下中軍一，把總一。”
此外防守官又以衛治為中心，四向分守，這里暫不多。
衛所官軍分番校閱，置屯遣戍，主要以護守城池、防御胡虜、備遏盜賊為任務。
西寧衛與高務實曾任的遼東地區有些類似，都是軍民兼治，下轄西寧、碾伯、鎮海、北川、南川、古鄯六千戶所，同時兼領“塞外四衛”即洪武八年1375后，相繼在柴達木盆地西部所設安定、阿端、曲先、罕東四衛均由其節制。以“西番之勢益多，其力益弱，西陲之患亦寡”的施政策略，維護明廷于茨統治秩序。
西寧衛作為兼司地方行政的機構，其下有編戶四里，即巴州、紅崖、老鴉和三川，由衛經歷司進行管理，對周圍藏族各部明朝統稱“西寧十三族”也行使監督權，各部落僧俗頭目“每歲遇萬壽圣節、正旦、冬至俱赴衛行慶賀禮，又每月赴衛聽受約束”。
衛指揮一級的官員中有專司“撫夷”之職者。弘治初置西寧兵備道后，“撫治番夷”也是副使的重要職責。
明朝西寧衛城大致在現今的西寧市中心現存北城墻、東城墻、南城墻部分殘垣。對于明朝西寧衛治西寧城池的修筑，有明一代，洪武、嘉靖乃至萬歷年間都曾動土興工。
洪武、嘉靖年間的修建沒必要多，萬歷年間的修建卻不得不提一下。
萬歷三年1575三邊總督、兵部尚書石茂華、巡撫都御史侯東萊以西寧城“土垣漸圮，歷亦不時竊憂，馴至可憂”為由而加修。
此次工程由西寧衛兵備副使平康裕和董汝漢、分守參將蕭文奎、涼莊游擊吳鉞督率軍民庀材修筑。這次修筑可謂“磚包城”，其規模及牢固程度空前，在西寧衛參議張問仁所撰重修西寧衛城記碑文中記載了這次修成的城池的建制大。
這個新的西寧城，在換算后的周長為5704米、高153米、底寬1665米、頂寬10米，較之明洪武、嘉靖年間的規模都要大。
這次工程“圖形勢、議工力、料物用、分職報、約程限、申法令”，興師動眾，頗費財力、物力和人力。城池修成后樓櫓、鋪舍、桿具，無一不精，炳如翼如，且固且麗。
就是這樣一個新修不過十年出頭的西寧新城，居然極其突然的被青海土默特部攻破了。
本來這是朝廷軍務，跟曹淦這個京華商社的大掌柜沒什么關系，但他卻在密函中告訴高務實，青海土默特的著力兔、火落赤兄弟很可能是靠著京華的火藥炸開了西寧城墻而一舉攻破西寧的。
此事還得從京華礦業起。
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