禁衛軍的兵源并非來自原先的京營衛所兵，而是由戚繼光在河北民間招募。由于禁衛軍成立時間不長，所經歷的戰爭也還不算多，這些民間招募來的士兵一時半會兒顯然難以成長為將領，因此禁衛軍的將領來源就比較復雜了。
總的來說，禁衛軍的將領以及中層軍官來源有三個部分。
第一部分是戚繼光的嫡系。這其中真正的“老將”只有吳惟忠一人，余者都是中層將校，在禁衛軍體系中，大多是位于連、排、棚這個級別的軍官，另外有幾名營級軍官。
這種安排是戚繼光在請示高務實之后才做出的，原因有兩點一來禁衛軍屬于朝廷嫡系，甚至可以說是天子親軍其作用有別于錦衣衛，而戚繼光并非勛貴一系，顯然不敢在這樣一支軍隊里安排太多自己的親信將領，以免到時候彈章如雪，吃罪不起。
二來真正意義上的“戚家軍”主力已經被戚金帶走，去了遼東戍邊。軍隊既然走了，將領當然也得跟著走，除了一些早年已經積功升官去了全國各地的將領外，當時還在軍中的將領基本都跟著戚金走了。
至于吳惟忠，他是戚繼光身邊的得力干將，也是戚家軍的“老人”，戚繼光總要留個知心人在身邊處理各種事務，否則他自己單槍匹馬帶這么大一支軍隊，那不得累死
禁衛軍的第二部分將領，來源于宣大三鎮以及薊州、昌平、保定等鎮。這其中，毫無疑問宣大三鎮屬于高務實的嫡系；薊鎮雖然不是戚繼光的嫡系，但屬于戚繼光的老部下；昌平、保定等鎮則是高務實的輻射范圍，大致可以看做高務實麾下的旁系將領，或者說泛實學派將領他們投靠的文臣大佬屬于實學派。
至于第三部分，自然就是勛貴、功臣的子弟了。這是沒法子的事，禁衛軍的屬性擺在這里，如果軍中一個勛貴子弟和功臣蔭子都沒有，別說朝廷文武百官不放心，連朱翊鈞恐怕都要在心里打個突。
這部分將領都不是勛貴本人或其直系，通常是次子及余子，比如朱應楨的弟弟朱應槐、張元功的弟弟張元德等人。此外則還有來自于全國各地功臣名將之后，這部分以將門恩蔭為主，比如高務實麾下著名的嫡系將門麻氏，就有麻承訓不是麻承勛、麻承宣、麻承詔三人被麻貴一腳踢到了禁衛軍。
其余將門，尤其是高務實的嫡系將領們也有這樣的待遇，只要該將領本人獲賞恩蔭，高務實在方便的情況下都會幫忙“操作”一番，讓他們按照恩蔭的級別進入禁衛軍鍛煉。
在高務實看來，這是在現有體制下最好的解決辦法，不僅僅是雙贏，甚至是三贏高務實本人、將門、朝廷，都是受益方。
而且，相較于這些將門始終留在本鎮世襲，高務實認為把他們海納百川一般收進禁衛軍會更好一些。一來避免將門在本鎮的勢力繼續滾雪球一般膨脹起來，一來也讓他們在禁衛軍體系內形成良性競爭。
武將嘛，你不服我，我不服你。你說你們鐵嶺李氏是天下第一將門，我大同麻氏就是不服。以前大家不好比劃比劃，現在可方便了禁衛軍有季訓、有年比，大家是騾子是馬拉出來溜溜，看誰帶的兵厲害
什么叫打破固化、良性競爭這就是了。
戚繼光一直說高務實的這個辦法簡直是個天才設想，不過他還是提出過一個補充建議，那就是既然這樣辦了，那么禁衛軍的司令就一定不能挑一個有明顯立場偏向的人。
戚繼光本人是出了名的帶兵嚴厲和處事公平，他能保證自己不偏心，但他很擔心高務實將來安排的禁衛軍司令繼任者偏心，是以有此一說。