隨著王錫爵的到來，國本之爭壓倒了此前風頭正盛的謗君案，一時之間成為京師百官的新焦點、
為此，京師局勢自然也出現了新的動向。實學派官員們開始不顧尋常“規矩”，三番五次上門拜訪高務實或者許國。在拜訪高務實的官員中，甚至出現了張學顏與吳兌這兩位閣臣的身影。
心學派的官員們也沒閑著，包括申時行在內，都去了王錫爵的府上拜會，美其名曰是慶祝他起復回京，實際上自然是就近期的局勢舉行一個內部會議。
王錫爵在內閣排名雖然最末，但畢竟身份特殊，而且一來就搶足了風頭，申時行也樂意給他這個面子，在這次會晤之中把絕大多數發言的機會都讓給了他，看起來一副親密無間、其樂融融的模樣。
其實申時行與王錫爵雖然關系不錯，但往日也并沒有好到這個份上。但正如同明史中對他們兩人個性的評價一樣，“然時行柔和，而錫爵性剛負氣。”
王錫爵幼時便好名，常有驚人之語，又因為是學霸，名頭很是不小。昔日在高拱當政之后，他因為自己的耿直和端方之名，逐步引起了高拱的關注，把他從南京國子監司業轉任北京國子監司業，不久升為右春坊右中允。
之后，因為一段時間以來王錫爵都表現得很正常，于是又是在高拱的主持下，將他升任為國子監祭酒和詹事府詹事等職。
尤其要提國子監祭酒一職，這是高拱自己當初做過的，他很重視這個位置，任命得很謹慎。若不是名聲素佳、學問扎實之人，高拱是絕不肯亂給的。
不過，國子監祭酒就算是小九卿之一了，詹事府詹事也是一樣。王錫爵到了這一步，大概是覺得自己翅膀已經硬了，開始暴露出他完全是心學派官員的一面，忽然上疏彈劾內閣忙于政爭而懈怠政務，終于成功觸怒了首輔高拱，被貶到南京翰林院掌院事。
當時高拱已經在高務實的幫助下擊敗張、馮聯盟，完全掌握內閣，心學派沒有人敢出手相助王錫爵，因此王錫爵老實了下來，也明白自己不可能和高拱硬剛，態度有所軟化。
如此過去兩年，高拱認為王錫爵應該是“想通了”，查其吏部檔案，他在南京翰林院的表現也很優秀，于是高拱又把他調回了北京。
這次回京，只“鍛煉”了一年左右，王錫爵就被高拱提拔為翰林院侍讀學士之職，并依舊讓他充經筵日講官彼時，王錫爵是日講官中正式職務最高的翰林學官，正經的帝師地位就是這么來的。
本來，如果時間到此為止，王錫爵幾乎就算是身在曹營心在漢的表現了，雖是持心學派立場的南榜官員，但偏偏又還挺得高拱器重。
可惜，此時已經到了萬歷六年，高拱突然逝世，實學派雖有郭樸接過權柄，但一時之間也要先穩住陣腳，顧不得太多其他事。
于是王錫爵又出來說話了，他看似非常公允地上了一道疏文，表示高拱在時，以首輔兼掌銓務，權力太大，不符合祖宗至意。不過考慮到當時高拱是顧命首輔而皇上年幼，這么做也還可行，然而現在既然顧命首輔已經身故，皇上的年紀也逐漸大了，這種兼任就不該繼續下去。
因此王錫爵表示，請首輔郭樸辭任吏部尚書。
王錫爵的這一手其實很有想法，不僅道理說得過去，而且時機把握很好，郭樸雖然也是老臣，畢竟不像高拱那么剛直，這樣堂堂正正的講道理，是有可能說服他的。
然而王錫爵還是算漏了一些事。
皇帝雖然年紀逐漸大了，但其實也才十六歲，而且李太后當時根本不覺得皇帝能做得好，她那時候的說法是等皇帝三十歲再讓首輔放權這話估計不是真心話，但至少反應了李太后對皇帝“不成熟”的一種擔憂。
在這樣的情況下，郭樸又是“顧命輔臣”之一，憑什么不能兼任吏部尚書呢高先生兼任了八年，難道出了什么亂子了嗎沒有嘛
于是兩宮懿旨直接下給了郭樸，讓他不準辭去兼職。
王錫爵的主意就此落空，不過經此一事，他就徹底洗脫了自己和實學派的瓜葛，正式被當做心學派大佬之一了。