官員的任免，由御史臺考核，六科給事中評定，最終交給吏部舉手表決通過。但三品以上，還必須交給內閣和元老議政院再次審核，最終舉手表決通過。最終由皇上簽署任免令，當然，這僅僅在說明，你是大明的官員，是大明皇帝的臣子。
而元老議政院和內閣的制度也有所改變。
元老議政院，是大明執政兩駕馬車之一，他是由退休致仕的國朝重臣以及勛貴公侯組成，由公推的德高望重宿老院長主持，第一屆院長是德高望重的孫承宗。他主要的職責是監督內閣的運作。審核內閣提交新的政策的制定，彈劾罷免內閣成員。記住，這里只指彈劾罷免內閣成員，而不得干涉朝廷其他官員。其實就是給內閣拴上籠頭，使得內閣不能胡作非為。
同時，一旦出現戰爭，元老院立刻轉型為參謀部，讓宿老發揮人老成精的特長，制定戰略計劃，行駛對帶兵大將和兵部的監督，協調工部后勤的調配。
以上都是以精英推選而不是天下普選。這倒不是毛文龍改革不徹底，而是毛文龍依舊當時的國情，和后世的普選弊端，再大家吵架幾天之后決定的。
一旦施行普選，一來民智未開，根本施行不了，二來的確是耽誤功夫浪費精力。一個首輔或者是元老議政院的院長，為了上任，就要拿出一年的時間來向全國的老百姓宣傳造勢，然后為了保住位置，還要拿出功夫繼續宣傳自己。等下一屆開始選舉，就又要開始循環這樣的操作。如此這個首輔不用做正事了，就整日為自己的事情忙吧。
皇上可以封駁提名，但只能有三次這樣特權。皇帝有豁免權，即便是罪大惡極的，也必須執行。但每年只有一次
宣布朝廷以后政令依舊以皇帝圣旨為正名，但必須通過元老議政院，內閣署理才成為大明正式的政令，缺一皆為廢紙。
撤銷大帥總兵官永久帶兵的權利。師以上的將軍隨時輪換絕不專屬。
兵權交還給兵部，只有戰爭出現，由兵部指定任免將帥。
為了杜絕兵將不知的弊端，兵部分作兩個部門，一個是后勤部門，一個是訓練部門，，全天下的部隊后勤都歸兵部后勤司管理。隊伍的后勤官員不歸本支隊伍主官管轄。
而天下士兵的訓練全部統一，不再各行其是。
兵部尚書不再由文官擔當，必須以武將為本。
罷免毛文龍原先一切職務，包括東江鎮總兵官，以大明遼王任兵部尚書，掌管天下一切兵馬。
明確規定，為了監督他主導的國策不在出現反復，毛文龍的兵部尚書職務為終身制，以后其他任何人不得執行。
也就是說，毛文龍就是看著大家，好好的貫徹這些政策制度，誰敢搗蛋，毛文龍有權滅了他。
至于他要搗蛋，誰滅了他，這個沒說。
而又一道圣旨明確的規定了毛文龍和他的軍隊的責任：為了維護新政的穩定，原東江鎮撤銷，原復遼軍已經完成了他的使命而撤銷。
將大明劃分十個軍區，派駐原復遼軍分別組扎。