條件是不再重啟矩陣，并且停止進攻人類世界瀛洲，讓機器和人類達成和平。
反之魚死網破，機器人會消滅人類世界。
但周比利作為超級病毒，也會感染整個機器帝國，機器和人類將同歸于盡。
最終，機器大帝選擇了與人類達成和解，并讓楊葉進入矩陣消滅周比利。
楊葉進入矩陣后，發現周比利此時已經控制了整個矩陣，矩陣中幾乎所有的人類和程序都被他感染成了自己。
這時候的周比利，已經變得無比強大，兩人開始決一死戰。
這場持續十分鐘的大戰在原版算是很精彩了，楊葉版卻再次升級，打得比原版炫酷。
原版主要是單挑，而楊葉版加入了群毆。
在第一部中，楊葉打一個周比利。
在第二部中，楊葉打一百個周比利。
到了第三部，楊葉打一億個周比利。
楊葉變身超人，極速飛行，不斷利用自己的權限影響，摧毀周比利。
整座城市，到處都在爆炸，無數的周比利串聯在一起爆開，如同無數升騰而起的煙，場面十分壯觀。
不過，這種高燃場面也沒持續多久，面對本體，還是得靠肉搏。
最終，楊葉不敵周比利，敗下陣來。
周比利的目標是復制一切，所以他將楊葉復制成了自己。
但是，他不知道楊葉是從機器大帝那兒進入矩陣的。
當楊葉被周比利占據，兩人的數據也就連在了一起。
機器大帝通過楊葉的代碼，破解了周比利的代碼。
機器大帝立刻刪除了楊葉，作為超級病毒的周比利也被一起刪除。
于是，楊葉和周比利同歸于盡。
在瀛洲，機器軍團已經攻破了人類最后的防線。
但在最后一刻，它們停了下來，全體撤退。
自此，楊葉完成了救世主的任務，人類和機器和平相處。
最后，楊葉在真實世界中已經死去的肉身被機器們回收，而矩陣也第一次實現了質變的升級。
小劉意霏原本是兩個程序相愛而生出小孩，一直有被刪除的風險。
矩陣升級之后，她不再害怕被刪除，還可以被分配工作。
她選擇了制作朝霞的程序，她望著嶄新矩陣中絢爛的朝霞，堅信楊葉還會回來。
……
整體來說，《矩陣革命》相對前面兩部來說，比較平庸。
第一部以超強的設定驚艷世人，第二部則是打斗和特效全面升級，看得人眼繚亂，所以也收獲了超高的票房。
到了第三部，主角團的戲份變少，分出了一半的精力刻畫人類和機器軍團的大戰。
這一部分雖然拍得很悲壯，卻有點跑題，人們還是更愿意看主角裝逼。
但楊葉作為主角，表現卻又有點憋屈。
一開始困在車站出不來，還得靠人救。
后來又被暗算，弄瞎了一雙眼睛。
最后單挑周比利，也沒有打贏，而是靠作弊結束了戰斗。標題說什么矩陣革命，最后其實也沒有革命。