在黃翔重新抓哥斯拉當“奶牛”時，外星飛船已飛到了美國，來到紐約世貿大廈上空，直接向下，停在其中一座的樓頂。
由于飛船的速度太快，美國方面又完全沒想到，等飛船飛到世貿大廈上空時，樓中還有許多人在工作。
飛船停在世貿大廈后，并沒主動攻擊樓內的人員，而是控制了樓中所有的計算機，并以這座樓為原點，發出信號控制全球的電腦查閱人類文明的信息，并檢索“黃翔”及“哥斯拉”的資料。
此時，全球無線電通訊全部癱瘓，聯系不上白宮，紐約政府只能自己做決定。
被一艘來歷不明的飛船停在世貿大廈，這艘飛船還在大肆入侵全球的電腦，紐約政府并沒做出和原作電影里日本人一樣的決定，派部隊用爆破炸彈想將整棟樓和飛船一起炸掉，而是做了四方面準備：
一是疏散樓內的人員；
二是派人與外星人交流，能夠和平交流自然是好，若不能夠，紐約政府也希望能拖延時間讓他們做更多的準備，以及從交流中，獲得關于外星人情報；
三是在緊急組織世貿大廈附近的民眾撤離，一旦交流不順利，這片地區很可能會淪為戰場；
四是在緊急調兵遣將，讓軍隊趕向世貿大廈，做戰斗的準備。
在外星飛船停在紐約世貿大廈查閱資料時，另一邊，黃翔重新將哥斯拉抓了起來后，他飛到空中望著紐約的方向，在思考該怎么辦。
組織者G1是外星人重塑肉身的希望，外星人肯定還會回來，不是找他，就是找哥斯拉。
找哥斯拉還好，那樣，黃翔不用直接面對外星飛船，等外星人被組織者G1變成了怪獸，或許還可以找機會將外星飛船搶走，把外星人抓起來當寵物養。
可如果……
外星人要是覺得他體內的組織者G1更好，不找哥斯拉奪取組織者G1，而跑來找他，那樂子就大了。
黃翔可不想被外星人用飛船捶一頓，再奪取走他體內的組織者G1。
電影中，哥斯拉的組織者G1被大量奪取后，沒死，還能活蹦亂跳，可自己就不一定了。
這么危險的事情，最好還是不要發生在自己身上！
可是該怎么辦呢？
外星人真要來找他的話，以外星飛船的速度和結實程度，黃翔能去的地方，飛船肯定也能去，跑是很難跑得了的。
不能跑，那就只能有一戰！
既然只能戰斗，那就要選擇最利于自己的地方。
什么地方適合于自己戰斗，而不利于外星飛船呢？
深海！
黃翔腦中冒出這兩個字。
海中的環境雖然對黃翔也是一種限制，但外星飛船依靠光為能源驅動，深海無光，在深海戰斗，等于切斷了外星飛船的能源補給，更加不適合外星飛船，只要在深海中能拖到外星飛船能源用盡，那黃翔就將獲得勝利。