朱載坖現在最擔心的就是這些寺院和白蓮教有什么瓜葛。
僧尼巧借佛教經懺儀式，暗中宣講白蓮教，煽惑男女沉迷其中，混雜一處，奸淫縱樂。因為太祖本人就是借助白蓮教起義的，深知其中危害，立國后將其列為邪教，予以嚴厲打擊。但白蓮教及其他教派活動并未因打擊禁止而銷聲匿跡，反而成為大明最為嚴重的社會問題之一。
這些教派經驗豐富，隱藏極深，借助佛教與民間信仰，將其儀式與思想融入其中，在滿足民眾精神需求時宣傳教義。白蓮教根據民間信眾的社會現實需求產生了異化，其組織一般不用白蓮’稱號，而是另立支派，另起教名。
尤其是隨著倭寇的大舉襲擾，大量的百姓流離失所，更給了白蓮教生存的溫床。白蓮教等趁此吸收教徒，擴大勢力。一些白蓮教徒混入佛門，趁機招引民眾入教。
之前蘇州知府林懋舉就曾經上疏談論過此事，他認為：此輩游食天下，奸盜詐偽，靡所不為，使不早為處置，大則嘯聚山林謀為不軌，小則興造妖言扇惑人心，為患非細。今蘇州等處，累獲強盜多系僧人，乞敕所司禁約。
但是彼時朝廷忙于對付倭寇，根本無力來管這些事情，林懋舉的上疏也就如同泥牛入海。
蘇松等處的寺院之多，也是超乎朱載坖想象了，雖然嘉靖一向崇道抑佛，但是在東南，崇佛風氣甚重。
本來按照大明規定，凡寺觀庵院除見在處所外不得私自創建增置，設立寺院是要經過朝廷批準的，但是眼下的東南早就把朝廷禁令當成一紙空文了，江浙的佛寺數量最多，兩處的佛寺數量相加幾可占全國佛寺總數的四成。
而蘇州更是重災區，蘇州崇向釋教，廣殿邃廡，金碧輝映，無處無之，朝廷的法度根本無人遵守。
寺院要想取得合法地位，唯一途徑是有朝廷賜額，此即擁有了特許保護，否則不管是新建、重建、重修皆視為私建，要受懲處。
而現今，據錦衣衛的查訪，蘇州、松江、杭州、嘉興、湖州，常州六府，現在寺院483座，而朝廷的賜額是24座，也就是說，只有二十分之一的寺院是合法的，剩余的都是非法的。
這些在寺院的和尚，一樣也不老實，僧尼們利欲熏心，人生目標不再是修行，轉為縱樂享受，沉迷于物質欲望，佛性全無，與世俗之人一樣。有些僧尼為金錢所誘，陷入貪財的欲望之中，甚至不惜謀財害命。
同時為了謀求朝廷的支持，這些和尚還能士大夫們交往，僧俗混雜致使僧人不能安心于宗教修行，或是有假冒僧人之人到處招搖行騙，時常引發敗壞宗教行為之事。而且和尚們借與士大夫們交往，干涉俗世，甚至干涉政治，這是被歷代皇帝所警惕的。
太祖就相繼頒布《申明佛教榜冊》《趨避條例》，希望能有所禁止。成祖即位再次整頓佛教時，亦聲明嚴禁僧俗混雜居住，但是到了現在，這些法令早就成了廢紙。