在南京禮部的籌備之下，很快就擬定了祭祀孝陵的相關儀注，朱載坖率領南京的文武百官和勛臣們，前往孝陵祭祀，朱載坖從孝陵紅券門，降輦由左門入，升輿，群臣從由紅券門并金門、陵門之右門進入。
朱載坖穿青袍乘板輿到孝陵外東，降輿。在禮部官員們引導下向孝陵祭祀。其實和祭祀嘉靖的過程沒任何區別。
導引官導朱載坖至殿左門外，典儀官唱：執事官各司其事，內贊官引導上皇至拜位，奏就位。
奏詣前，內贊官引導朱載坖到香案前，奏上香，朱載坖三次上香，跪拜結束。
隨后內贊官奏復位，奏四拜。傳贊百官和典儀唱奠帛，行初獻禮。
后內贊引導朱載坖至御案前，奏獻帛，結束后再引導皇上至太祖高皇帝御座前，奏獻爵，訖。引導皇上至太祖高皇后御座前，奏獻爵，結束后奏復位，奏跪。
傳贊眾官皆跪，贊讀祝，奏俯、伏。傳贊百官同典儀唱亞獻禮、終獻禮。執爵者代獻，訖。
內贊官奏四拜，傳贊百官同典儀唱，讀祝官捧祝，進帛官捧帛，各詣燎位，朱載坖退拜位之東。捧祝帛官出殿門，內贊奏禮結束。
結束祭祀之后，朱載坖從原路返回，而百官們由小旁門退出，守臣下之分。
結束了祭祀之后，朱載坖到了督師衙署之中，從杭州趕來的浙江巡撫王崇古也趕到了南京，朱載坖于是和隨駕的重臣一道召見了王崇古，朱載坖問道：“聽說浙江的新政，推行的不太順利，是怎么回事？”
王崇古趕緊上前請罪道：“陛下，此臣之過也！”
朱載坖擺擺手說道：“朕不是來問罪的，新政推行受阻，是什么原因？”
王崇古向諸位重臣解釋了其中的原因，第一點就是浙江的士紳們認為賦役折色太少，浙江和蘇松不同，浙江山多田少，素有七山一水兩分田之稱，和蘇松盛產稻米，百姓愿意用本色繳納賦稅不同，浙江除了靠近蘇松的嘉興、杭州、湖州、紹興等府地勢稍微平坦，盛產糧食之外，其余州縣的糧食都比較緊張。