海瑞命人出示各種證據，這幾日海瑞、趙志皋、王鼎爵和陸繹、劉守孚已經將少林寺的僧人們審了一遍，獲取了一些證據。
首先就是之前少林寺的僧人離奇死亡的事情，在海瑞等人的嚴審之下，這些僧人的死亡原因也陸續浮出水面，就是正道、悟通等人殺人滅口，為了毀滅證據，將之前和了塵有交往的僧人殺掉，以逃避官府的查問。
面對這些證詞，正道等人無話可說，只有沉默以對。
同時海瑞還派人在整個河南范圍內要求各州府官員曉諭百姓，凡是之前受過少林寺迫害的百姓，都可以到衙門上告，州縣、按察司衙門敢推諉塞責的，可以直接到海瑞處上告，海瑞對于這些失職官員嚴懲不貸。
海瑞要充分收集少林寺的各項罪證，同時不僅是少林寺，有關僧道惡行，都可以直接向各級官府衙門上告，各級官府不準推諉塞責，務必從公處斷。
很快有關了塵和少林寺惡僧勾結的事情就算水落石出了，海瑞還在繼續審斷有關百姓上告少林寺的各種案件，海瑞對于百姓的上告，基本上都能予以查實，只要能夠有所證明的，海瑞就將相關人犯予以嚴懲，同時動用少林寺銀庫中的銀錢，予以賠償。
對于海瑞的這個舉動，陸繹也勸告過幾次，按照大明律律，少林寺的這些銀子，都是贓銀，按道理結案之后都是要解運道內承運庫罰贓庫中的，也就是說，這些財物理論上來說已經是朱載坖的私房錢了，海瑞這是在動用朱載坖的銀子給百姓。
對于陸繹的勸告，海瑞不以為然，海瑞說道：“圣上江海之量，豈不能容這些事情。何況這些贓銀本就是百姓的民脂民膏，這也是取之于民，用之于民罷了，此事由本憲一力承擔，與諸位無關。”
在將少林寺的相關案情審斷完畢之后，海瑞向朱載坖具奏匯報此案的詳細情況，還有各案犯的口供等，都一并呈上了來，送朱載坖御批。
海瑞也在奏疏中坦陳，動用少林寺銀庫的財物賠償給百姓們，海瑞認為這些百姓之前遭受少林寺迫害，而州縣官府毫無作為，雖然現在朝廷處置了少林寺，但是這件事情本就是朝廷有錯在先，若是州縣官府能夠依法履職，將少林寺的這些惡僧提前法辦，哪里至于到這般田地。
而且這些銀子占整個少林寺的贓銀數量并不大，用些許銀錢，而收河南百姓之心，這筆賬，怎么算都是合算的。
對于海瑞挪用少林寺贓銀的事情，朱載坖并沒有加以追究，在朱載坖看來，這并不能算什么錯誤，百姓受到了侵害，官府就該出頭，替百姓主持公道，從少林寺的贓銀中拿出部分補償百姓，也是題中應有之義，現在的問題是應當怎么處理此案。
朱載坖將海瑞送來的卷宗下刑部，責成三法司會審此案。
同時召見了內閣輔臣，商量善后事宜，朱載坖認為，天下的寺院，有少林寺這樣的情況的并非少數，他們可能只是沒有少林寺的這樣夸張罷了。