現在的情況是雖然京操班軍這一制度并沒被廢除，但是實際上已經遠遠背離了成祖當年建立京操班軍的目的，大量的京操班軍到了京師也并不從事軍事訓練，而是被調動來背這些勛臣們役使，或者為朝廷充當苦力，進行各種營建工程，與太祖的本意顯然是不符。
現在就京操班軍的廢弛，導致河南、山東、直隸、南直隸、湖廣等內地省份的都司衛所全部廢弛，根本沒有任何戰斗力，嘉靖年間河南師尚詔的作亂，朝廷居然要調動數省的官軍才能剿滅，可見現在地方衛所的戰斗力之差。
嘉靖時軍士逃避京操已到了“全衛通不赴操”的地步，這如何使得，朱載坖是斷然不能夠接受的，朱載坖召集練兵軍務處的所有大臣，商量整頓京操班軍的事情。
對于京操班軍的墮落，各位參贊軍務大臣也深有體會，京操班軍數量不足，而勉強來到京師的，又大多是老弱病殘，根本不堪趨使，其中的精壯又被各勛臣占役，朝廷還要調動京操班軍去從事各種營建，當然會導致大量的軍士逃亡，不愿赴京操。
而且現在地方各衛所軍士逃亡，根本沒有足夠的兵力赴京操練，衛所軍官視軍士為為奴仆，也不愿將衛所中的精壯之士送京師班操，而班軍離父母棄妻子越千里而至，朝廷又不能善待他們，自然是大量逃亡了。
兵部尚書汪道昆認為：“京操之制，法久弊生，其間道途之苦，侵牟之害，凌侮之辱，工作之勞，有不勝言者。”他認為在現在的情況下維持原來的京操班軍制度已經不可行了，因為京操班軍制度是依附于衛所制度的，只有衛所強大充實，才有可能從其中抽調出精壯的京操班軍來。
而現在衛所軍士逃散，各方面狀況都每況愈下，尤其是軍士數量大量減少，再想保持原有的京操班軍制度，實在是難以為繼，所謂皮之不存，毛之焉附也。
馬芳等統兵大將也說道：“陛下，京操軍士綿軟偷惰，盔甲著身若不能任，轉項運臂已有難色，其能據鞍上馬者鮮矣。能挽幾石弓執數尋戟，以從事乎？”現在的京操軍士，為了逃避京操，甚至出錢請人代替，這樣的京操班軍，能打仗才是怪事呢。
汪道昆他們的意思是京操已經無法挽救了，最好的辦法就是徹底廢弛算了，就像朝廷現在對于衛所的態度一樣，軍士逃亡也不再管了，雖然是祖制，但是一樣無人遵守。
但是內閣不是這么想的，高拱說道：“陛下，班軍更番入衛，隸營操練，蓋有備斯能無患，居重可以御輕，祖制閎遠矣。自工役相因。遂致班政廢弛，現欲興之，必興利除弊也。”
高拱的話很得朱載坖的青睞，朱載坖也是這么認為的，京操班軍事朝廷重根本的手段之一，通過將地方軍隊中的精銳輪班到京師三大營訓練，一方面保證地方衛所中始終有部分可用之兵，同時加強京師附近的武裝力量，始終保持居京師而控天下的局面，所以內閣的意思是京操班軍制度決不能廢。
這點朱載坖是同意的，朱載坖也認為不能夠將京操班軍予以撤銷，這樣會影響朝廷對于地方的控制，而且中部各省，承平日久，軍旅廢弛，一旦有事，不能應變，這也是朱載坖很擔心的事情，所以從朱載坖的角度來看，京操班軍決不能廢弛，而是要堅持下去。
張居正也說道：“陛下，京操之弊，大半源于衛所軍官也，領班之將復多貪漁，富者賄免，貧者氣奪。彼其數千里裹糧赴命，流汗浹踵而不得休。乃使之營不急之務，應無藝之工，重為其帥所苦。”
張居正認為京操的弊端和這些衛所軍官們脫不了干系，要用嚴刑峻法懲治這些衛所軍官，使得他們不敢玩法懈怠，以京操中最嚴重的弊端，役使班軍而言，張居正就認為，班軍被役作苦工并不單純是朝廷的政策，也是軍官們的意圖。唯有如此，他們手中掌握的大量苦力便成了無數漁利的手段，官利用控制班軍的機會對軍士巧取豪奪，同時把軍士當成私人奴隸賣工賺錢，這些事情都是常有的。
張居正認為，要嚴加整頓，以嚴刑峻法使得這些軍官不敢苛待軍士，張居正說道：“陛下，向來自京班言之，春秋分二班矣，然皆具其名而無其人也。本戶醵金包折于領班之官，軍便于家居，官便于厚利。稍出其以為雇點之資，上下各以文具相欺，實數何有，所謂衛神京者安在耶？”
這是現在普遍存在的事情，軍士為了避免京操，只得賄賂軍官，軍官則以虛名搪塞，真正到京師應操的十之一二罷了。
朱載坖當然知道這些頑疾，他對參贊軍務大臣們說道：“諸位，班軍入衛神京，事關重大。近因承平日久，視為故事。軍每逾期不赴，糧則久借不還。倘若邊報日嚴，庫藏如洗，非籍明旨申嚴，日復一日，誤事非輕，須得嚴加整頓，朕不能等閑視之。”
對于現在京操班軍存在的各種問題，朱載坖當然是知道，朱載坖說道：“朕非不知班軍之弊也，兵士受粟布于公門，納月錢于私室，于是手不習擊刺之法，足不習進退之宜，第轉貨為商，執技為工，而以工商所得補納月錢。民之膏血，兵之氣力，皆變為金銀以惠奸宄。一旦率以臨敵，如驅羊拒狼，幾何其不敗也？然京操乃強根本，衛神京之策，斷不可以等閑視之。”
朱載坖命令以練兵軍務處為整頓京操班軍的機構，首先查實現在每次京操班軍的實有數量，各都司衛所向京師派遣的軍士數量，弄清楚了這些情況，才能夠為下一步具體政策提供依據。
同時朱載坖下達詔令，命令日后不管任何營建，都不允許役使班操京軍，各勛臣府邸也將自己占役的班操軍士退還，否則朱載坖一經查出，必遭嚴懲。</p>