朱載坖的想法是對衛所逐步進行改革，最終將衛所取消，軍戶變為百姓，才是目的，只是現在軍戶數量十分龐大，驟然予以改革，顯然不是一個好辦法，朱載坖準備以山東都司作為試點，將脫產軍隊和軍戶分開，脫產的班操京軍屬于朝廷的經制之兵，而普通軍戶和所謂的世襲軍官則是逐步的平民化。
同時經過改革之后，朝廷軍官的主要來源是武舉和國子武學的軍官，而不再是衛所的世襲軍官的。
練兵軍務處很快就擬定山東都司的改革方案，主要是對山東的軍屯予以清理，減輕軍屯的科則，將軍屯土地的賦稅都地方統一收取，取消都司的財政權力，同時解放這些軍戶們，避免衛所軍官役使這些軍戶。
京操班軍減為兩萬人，其余的所有正軍，不管是守城、還是運糧軍士，全部脫產，按月發給軍餉、月糧，屯田軍士放歸家中分給土地，照民田起科就行了。
按照練兵軍務處的規劃，經過改革的山東都司，軍事和財政職能都被大大弱化，主要負責從軍戶中征募合格的士卒，更多的成為一個兵役機關，同時他們正軍、軍余子弟、舍人的戶籍，負責在農閑時組織軍余子弟、舍人等進行軍事訓練，負責官軍的預備役。
而實際負責作戰的則是地方的鎮守總兵官，將作戰部隊和預備役、軍戶分開，是這次對衛所制度的一個重大改進，現在其實朝野都很清楚，衛所兵不能上陣作戰，真正能夠上陣作戰的，也都是九邊和京營的脫產軍人，朱載坖和練兵軍務處的參贊軍務大臣們商量之后，認為要降低大明軍隊的總員額，提高戰斗力。
原本大明官軍總員額極為驚人，高達二百多萬，但是實際上有戰斗力的并沒有多少，大明軍隊純粹是虛胖，所以朱載坖要練兵軍務處，接下來就是汰虛精實，將官軍的總員額減少，提高官軍的戰斗，保留全脫產的軍士。
除了對衛所進行改革之外，朱載坖還提出將水師單獨升格為一個軍種，設立專門的衙門管理水師，現在水師的地位仍然不夠高，在朝廷重臣們眼中，水師還是不如精騎重要，從各地提督軍務總兵官的選擇上就可以說明此事，陸路總兵升任提督是正常的，但是水師總兵則基本不可能升任提督。
在兵部和朝廷的眼中，水師還是給陸軍打下手的，但是朱載坖顯然不是這么看的，對于朱載坖來說，他很清楚水師在日后的作用，絕不僅僅是從暹羅、占城將糧食運輸到大明這么簡單，水師要承擔起為大明拱衛海疆，御敵于國門之外的重任。
但是朱載坖將自己的想法說了之后，不管是內閣還是參贊軍務大臣都認為水師單獨成軍似有不妥，但是現在水師的指揮方式確實是有問題的，水師在海上作戰，應該以海域作為水師的信地，但是現在大明水師的防區還是以大明的行政區劃作為防區劃分的依據，這點不僅是朱載坖，俞大猷等人也認為這樣不若。
水師應當橫行于海上，而不是縮在港口搞什么避戰保船，朝廷制造戰船、訓練水師，就是為了決勝負于海上的，朱載坖和俞大猷等人商量之后，認為水師的指揮體系應該予以理順。
朱載坖召集所有的參贊軍務大臣們，商量水師的指揮問題，水師的主要任務包括兩個，第一是保衛大明的沿海不受侵犯，第二就是遠出重洋，在大洋上擊敗敵國的水師，進而控制海域，切斷敵國的海上交通，甚至攻擊其港口。
所以水師不可避免的要分為近岸水師和遠洋水師，近岸水師主要裝備中小型的戰艦，還有沿岸的各處炮臺，都歸屬于近岸水師管轄，近岸水師和陸師的聯系是很深的，朱載坖和參贊軍務大臣們商量之后認為，這部分水師仍舊由各提督軍務總兵官指揮是合適的，他們的作戰目的主要是防御性質的，保衛大明的海岸線和近海防御。
但是遠洋水師則不同了，遠洋水師本就是進攻性的，將他們束縛在陸地是不合適的，朱載坖認為應當組建三支遠洋水師艦隊，北洋水師，負責山東、北直隸、遼東遠海的防御，提督駐節天津，于大連、登州設置南北兩協，主要的作戰對象是倭國。
東海水師，負責南直隸、浙江、福建三省的遠海防御，提督駐節寧波，于松江、廈門設置南北兩協，主要的作戰任務是遮蔽東南，嚴防倭國、西夷襲擾大明的東南。
南洋水師，負責廣東、廣西、緬甸三省的遠海防御，提督駐節廣州，于仰光、瓊州設置南北兩協，主要是防備西夷對大明的窺視，同時經略南洋。
遠洋水師裝備的戰船，最少也要一千料以上，主要裝備各種大型戰艦，是真正爭雄于海上的勁旅，朱載坖任命俞咨皋為南洋水師提督，湯克寬為東洋水師提督，陳璘為北洋水師提督，三部遠洋水師，直接受練兵軍務處的指揮，有戰事直接向練兵軍務處匯報，至于員額、軍器、船只等，仍然由兵部負責。
朱載坖對于軍務的種種調整措施，經由練兵軍務處向大明發出，昭示了這個剛剛成立的部門在軍務上的話語權，明眼人都看得出來，內閣已經失去了在軍務上的權力，原本由內閣負責處理的軍務，已經轉移到了練兵軍務處。
同時五軍都督府傳令下轄的各都司衛所，要求有班操京軍任務的都司衛所，要按時足額的將班操京軍調動到京師來，如果仍舊像之前那樣敷衍塞責，五軍都督府到時候肯定會具本題參的。
戶部也提前準備相應的糧秣，在沿途囤積，以供士卒們食用，工部在京師城外修建營房，以供班操京軍住宿，朱載坖還命令戶部，先給班操軍士預發一月餉銀，鼓勵軍士上京班操。</p>