于是，明軍開始封鎖倭寇據點的水源。幾日后，倭寇據點內缺水嚴重，軍心大亂。孫傳庭抓住時機，再次發起進攻。明軍如猛虎下山，一舉攻克了這個據點。
與此同時，楊嗣昌在后方全力保障物資供應。他不斷催促糧草和兵器的運輸，“前線戰事緊張，物資必須盡快送達！”還組織沿海百姓團練，進行簡單的軍事訓練，“倭寇猖獗，大家要學會自保，協助官軍作戰。”
隨著戰事的推進，倭寇節節敗退，但仍有部分倭寇負隅頑抗，且與海外勢力勾結，企圖獲得支援。洪承疇通過情報網絡得知這一消息后，急忙進宮奏報朱由檢。“陛下，倭寇與海外勢力勾結，恐有變數。當務之急，需切斷他們的聯系，防止海外援兵到來。”
朱由檢沉思片刻后說道：“洪愛卿，你速與沿海水師將領商議，加強海上巡邏，封鎖海域，絕不能讓倭寇的援兵登陸。”
洪承疇領命后，立刻前往沿海水師營地。他與水師將領們商議道：“如今倭寇與海外勾結，我們水師責任重大。必須加大巡邏力度，設置多層防線，一旦發現可疑船只，立即攔截。”水師將領們紛紛表示：“大人放心，我等定不辱使命！”
在明軍的嚴密封鎖下，倭寇的海外援兵始終無法靠近。而孫傳庭率領的陸軍繼續對殘余倭寇進行清剿。經過一番艱苦戰斗，終于將倭寇的主要據點全部拔除，大部分倭寇被殲滅，少數倭寇乘船逃竄。
孫傳庭向朱由檢奏報：“陛下，倭寇主要勢力已被剿滅，然仍有部分漏網之魚，臣請求繼續追擊，徹底根除禍患。”
朱由檢回復道：“孫愛卿，此次剿倭，你戰功卓著。但不可掉以輕心，務必將殘余倭寇一網打盡，確保沿海永享太平。”
孫傳庭領命后，繼續率領大軍追擊逃竄的倭寇。在沿海水師的配合下，經過數天的追擊，終于將最后一批倭寇殲滅。
沿海地區的百姓聽聞倭寇被徹底剿滅，歡呼雀躍。他們紛紛來到軍營，向明軍獻上食物和酒水，表達感激之情。
楊嗣昌看著百姓們的熱情，感慨道：“此次剿倭能如此順利，離不開百姓的支持。我們當繼續為百姓謀福祉，讓沿海地區繁榮起來。”
洪承疇點頭道：“不錯，同時我們也應加強海防建設，防止類似的叛亂再次發生。”
孫傳庭說道：“兩位大人所言極是，我等當向陛下奏明，在沿海地區增派兵力，修建更堅固的防御工事。”
三人商議完畢后，進宮向朱由檢奏報。朱由檢聽后，欣慰地說：“諸位愛卿此次剿倭，功在社稷。就按你們所言，加強海防建設，安撫百姓，讓沿海地區重現生機。”</p>