原遼陽協鎮副總兵、陸軍后衛指揮使劉應琪，任東北都司都指揮使，授正五品武德將軍。原陸軍后衛參謀雷老虎（朱四十），任東北都司都指揮參謀長，授正五品武德將軍銜。
共領一至五衛陸軍以及五萬山海鎮邊軍，守延慶州、保安州、天津州、保定府、河間府、順天府和永平府，治天津州。
原昌平鎮副總兵姜弼，隨孫承宗部訓練獲職千戶，參與了興和、歸化戰役，表現良好。欽點北方都司都指揮使，授從四品宣威將軍銜。原陸軍左衛參謀黃鶴樓（朱二十八）任北方都司都指揮參謀長，授正五品武德將軍銜。
共領六、七、八三衛陸軍以及五萬延綏、陜西、寧夏鎮邊軍，守原延綏鎮、寧夏鎮、部分陜西鎮、延安府、河套南部，治延綏鎮。
原孫承宗部指揮使杜文煥，任歸化都司都指揮使，授從四品宣威將軍銜。原陸軍中衛參謀白不平（朱十九），任歸化都司都指揮參謀長，授正五品武德將軍銜。
共領九、十、十一三衛陸軍，以及兩萬宣府、大同鎮邊軍，守歸化城以南、大同、宣府兩鎮，治大同鎮。
原密云鎮參將尤世祿，隨孫承宗部訓練獲職千戶，參與了興和、歸化戰役，表現良好。任西北都司都指揮使，授正五品武德將軍銜。原孫承宗部副參謀長高不懂（朱五十二），任西北都司都指揮參謀長，授正五品武德將軍銜。
共領十二、十三、十四、十五四衛陸軍，以及兩萬甘肅鎮邊軍，守原陜西行都司、臨洮府和部分陜西鎮，治蘭州。
都督同知孫承宗則坐鎮西安府，繼續訓練六萬多新軍，逐步從退居二線面臨被裁撤的邊軍中挑選可用人員補充，最終將新軍擴充到十萬，做為陸軍的預備役。
從具體領軍人員安排上，皇帝還是充分考慮了北方幾個軍武世家的利益，主官基本都是由其后代充任，再輔以經驗豐富的參謀人員，大大消除了在軍制改革時可能會遇到的阻力。
與陸軍的高級指揮人員任命瞻前顧后相比，結構很單純且專業性非常強的海軍改革就顯得比較簡單了。
從景陽八年（1612）開始，海軍采用南洋柚木和梢木建造的秦級戰艦在大沽口和松江造船廠同時開建，以每年3-6艘的速度不斷下水。
至今為止已經全體替換了之前的松木戰艦，總數達到了32艘。同時兩座造船廠還建造了50余艘2000料的武裝貨船，分別交付海軍和海運衙門使用，被皇帝賜名為廣州級。
這種船的用料比秦級薄一半兒，長29米，寬9米，滿載排水量650噸，最大載重量300噸。三桅，仍舊采用了更全面的混合帆型，甲板兩側可安裝各5門2寸后裝式鑄鐵艦炮，船尾可安裝2門3寸前裝炮。
雖然犧牲了部分航速、靈活性和大部分攻擊防御能力，卻換來了更大的貨艙和載重量，比較適合在大明沿海以及日本、南洋群島之間做中短途航行。
這片海域經過海軍的多年清理，已經見不到太大規模的海盜了，萬一碰上個別心術不正的船只，依靠自身武力也能安然無恙。