為何要在二選一的時候，挑王行瑜下手呢
首先，從犯罪性質入手，王行瑜是稱兵犯闕的主犯，李茂貞是從犯。
討要尚書令的人，是他王行瑜要求吞并禁軍基地的，是他王行瑜在長安城挑頭作亂、焚燒剽掠東市的，是他弟弟王行約最早提出要皇上移駕的，是他弟弟王行約在長安為爭搶昭宗而大打出手的，是他弟弟王行實
是他，是他，還是他。
其次，從綜合實力分析，王行瑜相對來說是個軟柿子。
李茂貞的綜合實力要高于王行瑜，在關西集團中，王行瑜扮演的也是李茂貞的小跟班。剿滅王行瑜更容易一些。
最后，是地緣政治的考量。
留下的這位，是要用來制衡李克用的。參照第二條，只有李茂貞具備這個實力。
因此，昭宗要力保李茂貞，而拿王行瑜背鍋。
昭宗派兩位親王到李克用那里解釋，讓李克用務必接受李茂貞同志誠摯的道歉，等鏟除了逆賊王行瑜之后，再討論其他問題。為了拉攏討好李克用，昭宗密令兩位親王一定要屈尊管李克用叫“大哥”。
兩位王爺可都是昭宗皇帝的親兄弟，皇上的兄弟跟你稱兄道弟，你李克用多大的臉
李克用派他的兒子李存勖前往皇帝行宮，給昭宗請安問好。
李存勖當時還是一個年僅11歲的小孩兒，年紀雖輕，卻長得器宇軒昂，儀表不俗。
昭宗對李存勖的相貌很是驚奇，愛撫著小朋友的腦袋，說道“孩子，我看你不凡，日后必成國家棟梁，你可要盡忠于皇家。”
李克用清掃了長安地面，上疏請求圣駕還朝。
8月27日，昭宗抵達長安。
在李克用的軍事支持下，昭宗剛到長安就下詔將關西集團的走狗、吃里扒外的宰相崔昭緯免職。不久之后，再貶崔昭緯為梧州司馬，不久賜死
崔昭緯的同黨，劉崇魯，被貶為崖州司戶崔昭緯的兄弟靜難節度副使崔鋋，也同樣罪不可赦，此前，昭宗特意下詔全軍，“破賊之時，勿令漏網”，非弄死那小子不可。
這是整頓文官集團的好機會，可歷史很會開玩笑，剛剛鏟除了文官集團中的毒瘤，宰相孔緯就因病醫治無效，于長安逝世。昭宗不勝其悲，“難道上天不愿看到大唐復興何故斬我手足”
李克用繼續對王行瑜窮追猛打，王行瑜實在招架不住，于是向李茂貞求救，李茂貞派兵一萬協防。
李克用上疏，要求昭宗詔令李茂貞退兵，同時還要批準自己對李茂貞發動進攻。
昭宗發布最高指示既然李茂貞主動誅殺元兇李繼鵬，說明他已經回心轉意，既往不咎，你不準打他。
另詔李茂貞瘋了吧你別這么不懂事兒趕緊退兵，要乖喲。
王行瑜丟城失地，連連敗退，兒子王知進也被生擒。李茂貞派來的鳳翔援軍也被李克用擊潰。萬般無奈之下，王行瑜逃回邠州大本營，派使節呈遞奏章，表示愿意投降。
李克用率軍包圍邠州城。
王行瑜登上城樓，哀嚎痛哭，向李克用哭道“我王行瑜有什么罪脅迫皇上，那是李茂貞、李繼鵬父子干的好事，跟我毫不相干不信去鳳翔問問，我愿意親赴京師，負荊請罪。”
李克用“呵呵”一笑，冷嘲熱風道“王尚父王行瑜求封尚書令不成，昭宗賜號尚父以寬慰他，干嘛如此卑躬屈膝我可承受不起啊。不是我要為難你，而是朝廷有詔討伐三個賊子，您恰巧榜上有名，我是奉旨辦事而已。至于去朝廷請罪嘛，這事兒，我可做不了主。”
王行瑜自知不敵，于是放棄負隅頑抗，帶著全家老小，棄城北逃。逃到半路途中，被部下誅殺，人頭連同妻兒老小二百余口，被押送朝廷。