神組織的強大超出了想象，忍者世界開始跳出一些人，來作為位對抗這些人的力量。如果單單靠著一個國家來對抗神組織這龐然大物的話，不論是哪一個國家都會被拖垮，即便是強大如木葉的存在，他們也不可能分出一份力量去對抗強大的神組織。
忍者世界徹底的脫離了原來的走向，脫離了歷史的時代變更。二戰徹底結束，三戰開啟，但這次戰爭卻是針對神組織的戰爭。
各村忍者都排出忍者，去搜尋這個癲狂的自命清高的神組織。神組織的成員，則也是感受到了忍者世界傳來的敵意，于是開始針對各大國發起了各種恐怖襲擊。
忍者村子或許能抵擋的住這種襲擊，但一個國家可不只是有一個忍者村子建立起來的，神組織向著那些弱小的區域發起襲擊。甚至是發起了幾次屠村事件，五大國中，都感受到了這種壓力。
各村的影，也是再次加強了對狩組織力量，都派出了一部分優秀的上忍進入到那股組織中，即便是不能對神組織的人造成傷害，但卻可以大大的限制神組織的活動力度。
更有忍者研究出來一種針對神組織的捕獵的行動，神組織的人，掌握著一種神奇的空間之力，可以在一定的空間內瞬間移動，這也就是他們為什么一直都能在作惡之后，迅速逃離的手段。而有忍者提出了封印空間術的手段，制造出了一大片封印空間，途中差點將火神給抓捕成功。可惜的是，神組織的另外成員殺來，將火神救走。
神組織不止是火水土雷風五個神，在這五個人之下，似乎還有一些為神組織服務的忍者們。實力雖然不能達到五個神使的強大，但絕對是精英上忍級別的存在，更是有著自己的想法，對神組織的狩獵行動中，這些神組織的忍者們，也給狩組織造成了非常大的麻煩。
羽田寧在這些個日子里一直都是作為一個幕后者，站在幕后，再也沒有真正的站在前面去做什么事情了。
兩年的時間，從剛開始，將家般到了一個靠近，火影大樓的位置之后，便是離開了木葉忍者村，去到了死亡森林之中，去進行訓練。
因為一直都很關注羽田寧的傷勢，所以在那段時間，經常會來看望羽田寧，而羽田寧當然知道自己離開村子的事情，是不可能瞞過綱手的，于是也就直接和盤托出。
綱手選擇影藏他的秘密，其實她也是一個非常討厭戰爭的忍者，如果可以的話，她也不想繼續去參與進這場忍者世界的大戰之中。同樣，她也是有著自己的目的的，她想要研究羽田寧的身體，因為羽田寧身上的傷，好的實在是太快了，不得不讓她想起自己的祖父，千手一族的力量，才會讓一個忍者身體恢復的迅速。
只是羽田寧的身上的恢復的速度，比起千手一族又似乎慢了一些，千手一族中，如果真的是覺醒了千手一族的血脈的話，那種恢復速度不是一般的快的，當然這種恢復也會給身體留下后遺癥。歷史上，也只有少數人，才能真正的克服這種后遺癥。而羽田寧的情況，和千手一族的血脈，類似又不完全一樣，他的傷恢復的非常的徹底，是真正的恢復。
對比了漩渦一族的忍者，對比了千手一族，對比了很多血脈家族的忍者血脈，羽田寧身上發生的事情，真的是太過于特別了。
在羽田寧城和北川美紗，這對夫婦的身上，也是不能尋找到任何的蛛絲馬跡，羽田寧的身份就變得有些撲朔迷離。
他要進行一場訓練，而訓練的目的的便是木葉的死亡森林之中，這里野獸迅猛，是曾經的古戰場，如今森林重新出現在這片森林之上。
羽田寧其實一直都在搜尋一個人尸體，也就是傳說中的初代火影，如今鳴人還沒有誕生的時代里，他想要從初代的身上找尋關于六道仙人兒子的氣息。
畢竟即便是他已經死了，那種靈魂印記也不會消失掉，而他想要繼續變強的話，找尋到這位初代大人也說不定能讓自己提升不少。
只是初代的死亡就像是一個秘密一般，在任何地方都沒有相關的記錄，陰差陽錯之下，他找到了另外的一具尸體，二代火影千手扉間的尸體。只是有些為難的是，這個人他現在不敢召喚出來，穢土轉生便是這個人研究出來的術，他將二代轉生出來的話，那勢必會面臨失控的畫面。當然以他現在的實力，也是絕對能夠將穢土轉生的二代給控制住的，但畢竟這不是絕對，他不覺得自己真的能掌控這位二代大人。
接觸的東西多了之后，他才真正的明白這位二代的強大，二代火影不僅僅是一個忍者，他更是一個極其聰穎之人，光是忍術他就開發出來太多了。