尼奧在錫安病房中醒來，身體還十分虛弱。
然而面對著圍在床邊一圈兒的議會高層，他知道他們想知道什么，因此第一句話就是：“鑰匙被偷…搶…拿走了，是廢棄程序組織做的。”
他永遠忘不了那個小女孩兒的那雙眼睛……
先知家里收養了一些小孩兒，不過那些不是普通的人類兒童，而是“廢棄程序”。
須知“母體”每時每刻都在升級更新，而更新則不可避免會淘汰大量“廢棄程序”。
這些程序被送到程序之源銷毀，回收利用，但也有部分程序在組織的幫助下逃離。廢棄程序到底要不要銷毀，就像人類問“沒用的人配不配活著”一樣，本是個無需爭辯的問題。但如果放到現實，則未必如此……這些廢棄程序運行依舊需要消耗計算資源，而90年代的硬件+100億人大腦就是“母體”的全部計算資源。
這個取舍，只有“母體”有權作出。
先知作為核心規則之一，當然對這套機制非常了解。
她收留的那些孩子，都是“可能有用但暫時用不上”的程序，當然也確實是出于憐憫。她代表的是母體人情味兒的那部分，可哪怕就是她，對那些真的被淘汰的也是顧不上的。
可“廢棄程序”并不想被銷毀，他們想反抗，小女孩兒就是其中之一。
她的父母登上通往程序之源的列車被銷毀，而她活了下來。由于仍時時刻刻被籠罩在“銷毀”的陰影下，小女孩兒暗中加入了反抗者組織，成了留在先知身邊的一顆釘子。
當初史密斯病毒吞噬先知，成為最強史密斯。
當尼奧和史密斯同歸于盡，倒在泥坑中的最強史密斯消失，露出的是先知的面孔……事實上尼奧和史密斯都沒死，他們跟先知核心代碼混在一起，不分彼此。
要消滅，必須三個人一齊消滅。
當先知用鑰匙喚醒尼奧的時候，史密斯趁機復活，開始跟尼奧爭奪主導權。
就在先知動彈不得的時候，廢棄程序小女孩兒說著對不起拿走鑰匙……然后當著他們的面直接向母體提出交易內容很簡單，母體承認廢棄程序同樣有活下去的權利，她就把鑰匙交給母體。
“所以鑰匙現在在母體手中？”五名議員各個面如死灰，鑰匙落到母體手里，等于錫安的夢徹底完了！
“沒有……母體說需要考慮。”尼奧苦笑著答道。
人生的大起大落實在太快，轉眼五位議員又一齊眉開眼笑。
尼奧在灰暗中明白，如果是人類當權者，肯定二話不說就答應下來……大不了事后再反悔！作為弱勢群體，今天殺你和明天殺你有區別嗎？
可當母體說需要考慮，恰恰是因為她一旦答應了就不會反悔就好像她當初答應尼奧和平，那么哪怕戰斗后尼奧變成植物人，錫安毫無抵抗力，母體仍給予和平一樣。
到了這一刻，尼奧開始認真考慮，先知提出的人類和機器共同生活的建議……
尤其是，病毒“史密斯”也贊同這一點，他的要求是“人可以變成計算單元，成為母體的一部分，在虛擬世界內生活；相應的，程序也應該可以變成人，脫離母體，獨自生活。”
只要能答應這一點，他不但不會搗亂，還會全力協助尼奧和先知。
這一直是史密斯的夢想。