故事承接前作。
暗影大帝借助小櫻的異化之軀，獲得了難以想象的力量，妄圖獻祭霓虹大陸，成為“超越神”的存在。
最終被雄兵連打敗！
小櫻犧牲自己，保全了整個世界。
在電影最后的彩蛋環節中，一團碎肉被檢測出生命反應，逐漸凝聚成心臟的模樣。專家破解了“異化細胞”的奧秘，原來這是一種外星文明制造的“資源收集器”。
這一段彩蛋，也被觀眾視為“小櫻復活”的預告。
畢竟黑豬叔叔說過，只要“凋零之花”手辦賣得好，小櫻絕對、絕對會復活！
孟叔叔從不騙人。
他答應的事，無論如何都會做到。凋零之花手辦賣得這么火，小櫻在《雄兵連Ⅱ》中復活，這是毫無懸念的事。
在本作中，破解完小櫻體內的異化細胞后，專家們利用“培養皿”，打算人工繁殖出一只小櫻。
計劃進行得很順利！
投入各種金屬、礦石、放射性物質后，那團“心臟狀碎肉”很快就繁殖為肉球，小櫻復活有望！
可這時候，來自黔州天眼的一則消息，驚動了整個世界。
一艘神秘星艦，正以極快的速度逼近太陽系！
研究異化細胞的專家，被緊急抽調至別的項目。小櫻的研究所，變得冷冷清清，沒有任何一個人。
這時候，肉團破開了！
一只白嫩的小手伸出，身無片縷的銀發小櫻爬出肉團，隔著一層玻璃呆呆地望著眼前的一切。
她輕輕一點，玻璃炸裂。
小櫻離開了！
沒人知道她去了何處，現在是什么狀態。陷入“外星人入侵”危機的地球高層，這時候也管不上小櫻逃走了。
雄兵連再度集結。
為了應對“極有可能”發生的外星入侵事件，地球高層不僅召回了原有的戰士，還從霓虹征召了“假面騎士”。
他們分別是1號、2號、V3、強人與亞馬遜。不要問X怎么沒來，神敬介這家伙檔期排不開呀！
除了假面騎士外，本次新增的戰士，還有獲得“法界秘寶”，可以用魔法凈化人心的魔力少女五人組。
一共增加了10名戰士！
加上之前的四靈戰士、鎧甲勇士、小魔仙與超級戰隊。觀眾調侃的“雄兵連升級為雄兵營”，終于變成了現實。
下一作，估計是雄兵團了！
外星戰艦逼近地球，所有人都很緊張。社會秩序一度崩壞，各個國家都發生了“打砸搶燒”的騷亂，儼然一副“末日降臨”的場景。
漫無目的走在街上的小櫻，成為了地痞流氓覬覦的目標。
“你認識我嗎？”
“認識！當然認識！小妹妹你來我家，我給你看個大寶貝……”
像一張白紙的小櫻，中了地痞流氓的圈套。不過流氓們明顯沒想到，這個少女的一巴掌，竟然能把人活活扇死。
“鬼啊！”
“救命，警察叔叔救我……”
輕松屠戮了三名人渣后，小櫻走出房間，抬頭看了眼天空。恰好帝皇俠帶領五行鎧甲們，騎著光影駒匆匆飛過。
“那個人……”
“不！小櫻！”
看到帝皇俠，小櫻腦中出現了曾經大戰的場景。她痛苦地捂著頭，不知所措。
外星戰艦來了！
進入地月軌道后，人類聯合體對這艘戰艦，發出了最后通牒。