吏部尚書由楊廷麟擔任，負責江南各省官員三年一度的京察考功，原本南京吏部的京察制度是六年一考，北京吏部無權干涉。
朱慈烺將京察改為三年一次，并實行考成法和末尾淘汰制，考核工作實效，提高官員辦事效率。
刑部尚書由原軍法部顧威擔任，負責南京諸司、公侯伯府、天武軍等各軍的刑名。
兵部改稱軍機部，除了原本的孫應元、黃得功、周遇吉、楊御蕃四人，朱慈烺又將曹變蛟、高邦、李少游三人加了進去，形成制衡。
禮部尚書依然由朱繼柞擔任，掌管禮樂、宗教、民族及外交之政，原詹事府少詹事楊士聰任正三品禮部左侍郎。
朱繼柞居官清正，秉筆直書，歷史上的名聲極好，這位置非他莫屬了。
工部尚書的人選也沒動，還是熊明遇，朱慈烺命他在江南數省建造學校萬余座，明年開春前必須完工。
朱慈烺將學校一塊從禮部單獨拿出，成立教化部，由李巖任尚書，冒襄和黃宗羲任主事輔助。
冒襄和黃宗羲都上岸了，冒襄識相靈活，還有才能，黃宗羲的教育思想比較先進，而且他們都是復社成員。
復社在江南的影響力極大，歷史上抗清報國的人才也不少，朱慈烺任用他們二人，變相的拉攏復社年輕骨干，讓其不鬧事，發揮各自的才能，也是為了分化復社。
朱慈烺將聚賢樓招募的士人經過篩選移到翰林院，充當內閣顧問；將皇明軍校遷到了南京，仍隸屬軍機部。
都察院左都御史由李邦華擔任，主管官員的法紀監督，配合吏部的京察和考成法，其他所有職能全部收回。
南京守備和鎮守太監一職沒有變動，繼續由魏國公和韓贊周擔任，由于南京兵部變成了軍機部，他們二人早已被架空了，除了能指揮得動南京京營這萬把人，江南各地的駐軍已跟他們沒關系了。
朱慈烺任命邱致中為鳳陽鎮守太監，鎮守太監所有權利全部收回，只負責掌管江北的軍工廠和鐵廠。
因史可法岳父去世，回家守制，漕運總督一職由撫寧侯朱國弼接任，朱慈烺暫時沒有動他，任命朱大典為南直隸巡撫，順道監督漕運。
原來的軍屯部由趙景麟主管，負責操練各地屯田兵，軍屯部的人不能入軍機部，這是朱慈烺定下的規矩，避免練兵權和調兵權重合。
后勤部由太監盧九德主管，盧九德作為勇衛營的老人，多次隨軍作戰，又深知兵法韜略，掌管后勤問題不大。
所有涉及到軍隊的部門，沒有一個文官擔任一把手，全由武將掌管，朱慈烺也不打算將來在軍機部安插文人，準備來個文武分治。
對外作戰，皇帝和內閣決定打不打，指定了作戰任務后，至于怎么打，是軍機部一眾將軍和參謀需要商量的事，文臣不得干預。
以文治國，以武安邦，術業有專攻，文武兩班只需對皇帝負責即可，避免重蹈戚繼光的悲劇，一代名將被文官的黨爭拖下水。