短短時間內，華夏的扶桑占領區風起云涌，數以百萬計的扶桑男女老少自發起來反抗。
然而他們沒有統一的指揮，沒有精良的武器，沒有合適的訓練，他們有的，只是狂熱而已。
而狂熱大概是戰爭中最雙刃劍的情緒了，這種情緒可以讓上百萬人起來反對華夏，但也能讓華軍多次創造驚人的以少勝多的戰績。
更要命的是，狂熱的情緒一旦因為失敗而冷靜下來，他們立刻就會變得極端馴服。
沒錯，扶桑人的情緒就是如此極端，不再云間就在地獄，沒有中間路線。
一開始，馮三虎對有上百萬人起來反對自己感到有些不知所措，他開始擔心后方幾個關鍵地點的守軍無法堅持到援軍到來，不過隨后發生的事證明，他多慮了。
共和1792年3月22，大阪守軍700人出城逆戰，一舉擊潰洶涌而來的近十萬扶桑義軍。
第二天，堺港守軍和海軍上岸水兵1100人擊潰向堺港而來的義軍。
兩天后，原本準備繼續進攻的馮三虎的主力部隊回師擊潰試圖進入京都的三十萬扶桑義軍。
4月15之前，九州守軍在本土后續援軍和海軍的增援下重新平定九州全境。
以上所有的戰斗，不管洶涌而來的扶桑人有幾個十萬，也不管應戰的華軍有沒有一千人，只要華軍反擊，他們都獲得了勝利，而且戰斗過程就沒有超過兩個時辰的。
戰后的總結會議上，軍官們指出：面對扶桑義軍，只要集中火力抑制住他們最開始那一波狂熱的沖鋒，之后就可以發動反擊，那個時候扶桑人必然崩潰，華軍可以驅趕潰兵不斷反卷他們自己的陣型。
這個時候，沖上去用木棍敲都能贏。
華軍打的很輕松，但馮三虎卻是十分不滿。
因為不得不回師鎮壓扶桑義軍，使得他在跟李井槐的內部競爭中，已經必然敗北了。
馮三虎惱羞成怒，他在返回京都后不久，對遠征軍全軍下達清掃占領區的命令。
按照他的命令，遠征軍全體出動，以百人的連（或中隊）為單位，四散而去，看到扶桑人的村莊，不管他們參沒參加反抗帝國的行動，即行攻擊，所有扶桑青年男女以及孩子全部為奴，老病殘者就地處決。
接到這個命令的華軍立刻行動起來，遠征軍各部隊蜂擁而出，華軍本土士兵負責所有城市和平原，外蕃索倫部落兵和外蕃高麗兵負責清剿山區，像是篩子一樣在京都以西和九州的占領區上來回梳絞。
除了某系城市中少部分貼著春聯和桃符的華夏人沒有受到騷擾外，其他扶桑村莊、城市都經歷了恐怖的劫難。
從遠征開始到共和1793年四月，遠征軍一共抓捕了50萬扶桑人（死者肯定更多）為奴，五月這個數字增長到80萬，六月甚至達到120萬！
華夏內部，反對馮三虎清剿令的聲音一直存在，畢竟他做的實在太過火了，扶桑占領區現在幾乎……，不，現在已經成了人間地獄。
許許多多不忍言之事正在扶桑上演，馮三虎殘酷的作風讓許多人感到不滿，彈劾馮三虎的奏章堆滿了皇帝的桌案。
然而這些都被皇太子徐世楊給壓下來了。
直到七月初，天氣開始變得炎熱，在這樣殺下去恐怕引起時疫，徐世楊才直接給馮三虎下令，命令其停止“清剿令”。