為了調解兩宮矛盾，韓琦和歐陽修先對曹太后說“您侍候先帝仁宗這么多年，天下誰不知道您是一個又賢德、又寬厚、又仁慈、又通達的人，為什么現在會和兒子過不去呢他是個病人，您不至于和他一般見識吧。難道您希望別人象議論天下其他繼母那樣去議論您嗎”他們又對趙曙說“自古以來，天下賢明的君主不計其數，人們為什么唯獨稱頌舜為大孝子難道其他人都不孝順當然不是。父母慈愛而子女孝順是很平常的事情。如果父母做得不好而子女依然孝敬有加，那才值得稱道啊。過去太后是個什么樣的人難道您還不清楚您只管盡您做人子的孝心，相信太后一定不會虧待了您。”在大家的勸解下，兩宮之間的矛盾得以逐步緩和。治平元年1064年五月，趙曙病體恢復，曹太后撤簾還政。趙曙親政僅半個月，宰相韓琦等人就向他提議請求有關部門討論趙曙生父的名份問題。當時仁宗逝世已有14個月，趙曙批示，等過了仁宗大祥中國古代漢族喪禮儀式之一，父、母喪后兩周年，即第二十五個月舉行的祭禮再議。治平二年1065年農歷四月初九，韓琦等再次提出趙曙生父的名份問題，于是，趙曙出詔將議案送至太常禮院，交兩制以上官員討論。由此引發了一場持續18個月的論戰，這就是北宋史上的“濮議”事件。
治平三年1066年，中書大臣共同議事于垂拱殿，當時韓琦正在家中祭祀，趙曙特意將其召來商議，當時即議定趙曙生父濮王稱皇考，由歐陽修親筆寫了兩份詔書，交給了趙曙一份。到中午時分，太后派了一名宦官，將一份封好的文書送至中書省，韓琦、歐陽修等人打開文書，相視而笑。這份文書正是歐陽修起草的詔書，多了太后的簽押。趙曙便立刻下詔停止討論。同時又將宰相與執政們召來，商量如何平息百官的情緒，以穩定時局。趙曙最后同意了歐陽修等人的意見，將呂誨等三名御史貶出京師。治平三年1066年十一月初八，趙曙再次生病，同年十二月在宰相韓琦的建議下，立長子趙頊為太子。
有一天，趙曙對趙頊說“按照國家的舊制度，士大夫的兒子有娶皇帝女兒的，公主們都因身份高貴而避開公婆的尊長地位，這于情于理都說不過去。我總是在想這件事，醒時睡時都為此感到不安，怎么能因為富貴的緣故，而違背一般的人倫長幼之序呢可以下詔有關部門改掉這個規矩。”但最終趙曙因患病而未能如愿。治平四年正月八日丁巳1067年1月25日，趙曙因病駕崩于福寧殿，享年36歲，殯于殿西階，廟號英宗，群臣上謚憲文肅武宣孝皇帝。八月二十七日，葬趙曙于永厚陵今河南鞏義孝義堡。趙曙繼續任用仁宗時的改革派重臣韓琦、歐陽修、富弼等人。鑒于仁宗以來的弊政，趙曙向執政宰輔們提出了裁救積弊的問題，征求大臣們的意見；還下詔將各品級官員的轉遷年限加以延長，在一定程度上緩解了“冗官”現象給朝廷財政造成的壓力。為廣納人才、為國選賢，趙曙命宰執大臣推薦才行之士以充館職。趙曙執政時，封樁庫、左藏庫等國庫空虛。以治平二年1065年為例，這一年宋朝歲入雖達一億一千六百一十三萬銀兩，官費、軍費等支出卻達一億二千零三十四萬銀兩，入不敷出。趙曙還非常重視讀書和書籍的編寫整理。治平元年1064年，司馬光寫成了一部歷年圖進呈給趙曙，趙曙對此大加贊賞。
治平三年1066年，趙曙命司馬光設局專修資治通鑒。趙曙同意司馬光選聘助手成立書局編寫歷代君臣事跡的請求，批示將書局設在崇文院內，特允許其借調龍圖閣、天章閣、昭文館、史館、集賢院、秘閣的書籍。不僅如此，趙曙還批準皇帝專用的筆墨、繒帛，劃撥專款，供給書局人員水果、糕點，并調宦官進行服務。趙曙的批示，極大地改善了司馬光編修史書的條件，使編寫資治通鑒的宏偉事業自一開始就有了堅實的后盾。司馬光為了報答趙曙的知遇之恩，在此后漫長的19年里，將全部精力都耗在資治通鑒這部巨著的編纂上。宋仁宗暴亡，醫官應當負有責任，主要的兩名醫官便被趙曙逐出皇宮，送邊遠州縣編管。其他一些醫官，唯恐也遭貶謫，便在趙曙面前求情，說“先皇起初吃這兩人開的藥還是很有效的，不幸去世，乃是天命，非醫官所能及。”趙曙正色道“我聽說這兩個人都是由兩府推薦的”左右道“正是。”趙曙便道“如這樣，我就不管了，都交給兩府去裁決吧。”眾醫官一聽，都嚇得魂飛魄散，暗暗驚嘆新皇帝的精明與果斷。
當然，這些都是后話，此時的趙曙還只是皇子而已。不過，曹皇后對于趙禎的這個決定，她已經能從中看出一些端倪來，那就是自己的這個養子，如果不出什么意外，就一定會成為未來的天子。
于是，曹皇后也不含糊，她聽旨后的第一個行動，就是將這次科舉考試的名單交給了趙曙，意思也很簡單，作為皇子，未來可能會成為太子，下一任皇帝，他的身邊，也必須有信得過的人。此時的曹皇后，還是在想著為新皇帝鋪路的事情。
而趙曙，自然也是明白自己母親的用意，其實歷史上，趙曙在未即位前便聽說過蘇軾，十分仰慕。繼位后，趙曙本想按照唐朝的慣例將蘇軾召入翰林院，授予他知制誥職務。但宰相韓琦卻說“蘇軾是能成大器的，今后必然會被皇上所重用，只要朝廷好好栽培他，那么全國的文入學士都會為皇上效勞。那時，人心所向，也就不敢有人對此有異議了。倘若現在突然重用蘇軾，天下士大夫恐怕會懷疑他的能力，這對蘇軾是極為不利的。”趙曙又問韓琦“讓蘇軾修起居注怎么樣”韓琦說“修起居注與知制誥官職性質相同，官品接近，恐怕也不太合適。”趙曙只好命蘇軾在史館試用。
于是，這時的趙曙在看到科舉名單后，也是第一時間，打聽起了有關于蘇軾的消息。