文淵閣是閣臣入直辦事之地，這兩次進學實質是內閣為挑選接班人而進行的，其中較為明確的是，王直曾長期在內閣撰寫詔書，馬愉、曹鼐在楊士奇、楊榮致仕后入閣預機務，可見當時內閣遷入的慣例是以翰林院官職為主，這在正統以后也繼續沿襲，“故正統年間陳循、高谷、苗衷、馬愉、曹鼐以學士入，張益、彭時、商輅以修撰入，則舊意猶存可考也”。
這種直接從“詞臣”或者說“史官”選拔入閣的方式，顯然重視的是秘書性職責，“蓋朝廷用入閣者皆出翰林，翰林之選文字而已，非嘗考其行也”。
這與六部尚書選拔注重行政能力是截然不同的，這時期的六部尚書中像何文淵、王翱、李秉等都是經過地方與中樞的行政歷練，從知府、推官等地方官升遷至中樞后，累遷至尚書之職的。
剛才曾說，如果按照過去的規矩，高務實做了戶部尚書，基本就絕了入閣的路，這和早幾年高務實外任廣西巡按時被很多人看衰是同一個道理，這是有例子的。
有一個非常典型的代表人物，就是曾擔任過吏部尚書的王直，他的仕宦經歷充分體現了內閣與六部尚書的制衡性。
王直，江西泰和人，永樂二年1404進士，授庶吉士并“事文淵閣”。他也是內閣成立以來第一批選拔入閣觀政學習的新科進士。最終三年考滿之時，王直得以繼續留任內閣，“俾屬草”。
當然嚴格意義上講，王直并非真正的閣臣，沒有殿閣大學士的名與實，僅可以看成是閣臣的候補。
王直的內閣生涯一直持續到正統五年1440左右，入閣三十余年，不論是文采還是能力，都備受推崇，“中外咸倚重之”。而且楊士奇、楊榮等閣臣在正統時年事已高，即將致仕，王直又與楊士奇有同鄉之誼，成為正式閣臣本來是水到渠成之事。
但是意外發生了，王直此時與楊士奇發生了嫌隙，楊士奇之子楊稷“居家暴橫，鄉民甚苦之”，王直曾就此提醒楊士奇，不料楊士奇卻被其子蒙騙，認為“抑庵王直忌其功名，妄為此語”，由此嫉恨王直，隨即將其排擠出內閣。
王直出閣后擔任禮部侍郎，隨后于正統八年1443升遷為吏部尚書，并一直任職到天順元年1458。任職期間，楊士奇于正統九年1444病逝，而內閣馬愉、曹鼐、陳循、苗衷、高谷等人的地位和威望均無法與其并列，且自景泰二年1451開始，由于王直年老體衰，先后任命何文淵、王翱為吏部尚書輔佐管理部事。
可以說，王直入閣的所有阻礙已經基本清除。但實際情況是，王直此時仍舊擔任吏部尚書之職，與宣德時期的吏部尚書蹇義、戶部尚書夏元吉解部事以備顧問大體相同，也就是說，此時的官員若先升尚書，則無入閣之機會因為此時的內閣，整體上來說還是“秘書”這個屬性更重。
王直晚年對此也曾感嘆道:“西楊不欲予同事內閣，出予理部事，當是時不能無憾。”結合王直的仕宦經歷，這種遺憾在針對楊士奇的同時，顯然也與當時的政體阻斷其回歸內閣之路不無關系。
此外，內閣在正統時期獲得的“票擬”之權，與六部尚書的行政權也具有很強的制衡性，對此解釋最為精辟的要屬高拱。
高拱在三乞天恩辭免兼任疏中提到“我國家之事，皆屬部臣題行，閣臣擬票。或未當，則為之駁正或未妥，則為之調停。不嫌異同，務在參伍。所以事多得其理，而人不敢為奸，是閣之與部不容混而一也
春芳既解任去，而臣又忝居二輔之先，若仍領銓務，則自所題行，自所擬票，駁正調停終為未便，是謂以水濟水，誰能食之