此外，石星轉任工部尚書一事也頗有影響。石星這個人出身大名府東明縣，單從地域來看似乎天然應該親近高黨或者說現在的實學派。
其實不然，石星早年的座師并非高拱、郭樸一派，而且離開政壇很早，以至于他年輕時口無遮攔，有些新進士的傲氣，干了點蠢事，被高拱壓制了一波。
事情是這樣的嘉靖三十八年，年僅二十二歲的石星考中進士前文有述，明代大部分進士都在三十歲左右，成績還比較靠前，于是進入內閣當值觀政，后被授予行人司行人。
隆慶元年十月，石星被擢拔為吏科給事中。穆宗隆慶帝即位后，石星不知道哪根弦搭錯了，莫名其妙的上疏切諫，提出了規諫六條，即養圣功、講圣學、勤視朝、速俞允、廣聽納、察讒譖。
本來這種奏疏大可以寫得很“格式化”，皇帝看完基本不當回事，但石星不然，他奏疏中的立場就有點問題，像是在把隆慶帝先當做惡人看待了，用詞又很沖。
這就壞菜了，隆慶帝本來脾氣很好，結果看了之后都勃然大怒，給石星宸斷了一個“訕上罪”，處以六十杖刑，貶斥為民。
作為帝師的高拱當時雖非首輔，但按照一般情況來看，他是可以并且通常應該出面維護一下石星的，誰料石星的那奏疏里還帶了點隱含的指責，仿佛是說隆慶帝如此不堪，高拱這位帝師當負全責。
高拱本來以為這只是石星搞不清狀況，想忍下來，誰料門下弟子一查，發現根本不是這么回事。
實際情況是什么呢是徐階當時操控言路和高拱斗法，石星雖然本來不是徐階的嫡系，但他作為年輕言官，在眾口鑠金之下真的以為高拱就是徐階口中的不識好歹、恩將仇報之輩，于是憤而上疏，明著罵皇帝，實則罵高拱。這一下子就把高拱惹毛了。
高拱的脾氣本來就不好，又正值與徐階斗法的緊要關頭，石星這毛頭小子自己跳出來做炮灰，高拱可不就干脆成全他得了于是高拱也就不再顧及石星什么“北榜后進”，更不考慮提攜一把，直接了當地在皇帝的降罪圣旨上附署了。
于是石星挨了六十廷杖，當場罷官，貶斥為民。
想想看一位書生在正常情況下挨六十廷杖是什么概念二十廷杖認真打就足以打死人了，石星挨了六十廷杖，居然只是昏迷過去。
其實這是當時高拱給時任司禮監掌印大太監孟沖打了招呼，讓他安排一下，教訓一下可以，不要出人命。孟沖是高拱推薦上位的，自然不敢違逆高拱的意思，這件事干得很漂亮。
再說石星本人，他在同鄉好友穆文熙的護持下，經過一晝夜的照料總算蘇醒過來。
此時石星本以為自己應該是徐階眼中的可朔之才了，誰知道徐階那邊一點反應都沒有，根本就當沒這回事。
石星得知消息，當場涼了半截腰，差點氣死。不過他那時的確很有脾氣，雖然重傷在身，也不肯在京師逗留，與穆文熙兩人同舟回歸故里。高拱后來自己被徐階整懵，回鄉一年多才回京，回京后以閣臣兼天官，忙得不可開交，也就把石星給忘了，沒想起來在徐階倒臺之后給石星平反什么的。