有明一朝的京察既分北察南察，又分四品以上自陳、五品以下堂審兩類。也就是說，對于不同品級的官員，其考察方式亦有差別。故時人稱“大臣與小臣不同，出處進退自有法度”。
而這一法度，即是“四品以上及翰林院學士，例該自陳；其余各衙門堂上五品及所屬五品以下等官，合照節年事例，本部會同都察院并該衙門堂上官考察，分別奏請定奪”。
四品以上官員及翰林學士，通過向皇帝上呈自陳疏，靜候皇帝的宸斷的形式來完成京察程序；而五品以下的官員則由吏部與都察院共同舉行堂審，予以考察。
楊巍所主北察、海瑞所主南察，本質上是對于南北二京所管諸布政司省的五品以下官員進行“去留考察”，之所以王錫爵會擔心海瑞，并不是擔心海瑞直接把他本人如何如何了，而是擔心牽連。
此前多次說過，明代官場的特色，既有師生關系，又有鄉黨關系，到了如今甚至還有派別關系。王錫爵作為心學派的臺柱之一，許多門生安排在南京所管的衙門那是再正常不過了。
如果王錫爵的門生在京察中大量被黜落，勢必會引起朝野關注。而到了這一步，實學派方面十有八九便會趁熱打鐵，開始猛烈彈劾王錫爵本人，那么事情就一發不可收拾了。
不過對于五品以下官員的考察一貫比較復雜，還有許多流程要走，此時暫不詳述。且說最為便捷的“大臣”自陳，尤其是北察自陳引發的此番丁亥京察第一場“戰斗”。
所謂自陳，即“兩京官員每遇六年一考察，四品以上皆令自陳不職。舉職業者留之，不職者退之”。
所有官員的自陳，皆“不下部覆，竟稟上裁”，即采用官員直接向皇帝上呈自陳疏的方式來進行。
自陳有一定之順序，掌察官員于堂審前自陳，按“先本部、都察院正堂，次左、右堂”的順序進行。而其他官員多在堂審結束之后方行自陳，即所謂“考察后自陳，例先內閣，次各衙門二品堂上官，次三品、次四品”。
但這里必須要說，規定是規定，而實際上自萬歷期開始，明代部分內閣學士等大臣并不嚴格遵循“考察后自陳”之規定，而是在考察之前即己呈上自陳疏。
如原歷史的萬歷二十一年二月京察，早在正月二十三日，內閣輔臣王錫爵就呈上了自陳疏。又如天啟三年二月京察，內閣輔臣葉向高更是早在正月初八便呈上了自陳疏。
而今年尤其不同，往常大多與二月進行的京察因為西北之亂等事被拖延到了將近中秋，很多事都要趕早，于是高官的自陳皆大舉提前。
有明一朝之所以于京察中令四品以上官員及翰林院學士自陳并取自上裁，是因為四品以上官員，幾乎全為大小九卿之官，平時即可立于朝堂之上與皇帝面議朝政，故皇帝對各官都有初步之了解。
另外，四品以上已屬體尊之官，為顯示對高官的尊重，亦不可使其與五品以下之中低級官員同堂受審。而翰林院眾學士本身即為“清華之選”，且“官為學士，職在論思”，不必過多參與政務的處理；此外，學士與皇帝過從甚密，其行能如何必然為皇帝所知曉，故亦不需被吏部與都察院考察。
當然，實際上四品以上官和翰林學士的自陳，并非從來皆然，而是經歷了一段時間的反復，方為定制的。