按照明朝寶船廠的工匠們給出的意見，所謂的馬船，實際上就是將馬廄搬上大船，在比較空船大船甲板上修建很多并排的馬廄，以方便安置牛馬。同時，又隔開牛馬，防止它們之間相互爭斗。
在船上建馬廄的要領就是方便清掃糞便
所以，船上的馬廄，往往都是修在船邊沿。負責清掃的人，甚至不用進入馬廄，直接用長柄的掃帚和鐵鍬，將牛糞和馬糞鏟起，然后扔進大海即可。然后，如果天氣不冷的話，還可以用海水沖洗下馬廄里的地板，以清除異味和蒼蠅滋生的可能。
學到了這個經驗后，紐約長島造船廠的工匠們，就在船上頂層甲板四周一圈內側修建了大量的馬廄，將空間利用到了極致。
不過，在修完后，他們發現中間的空間浪費了
為了提高運輸量，造船廠使用的是500噸級的大船，是由北海國戰艦為模板改裝成的。
其尺寸和北海國戰艦差不多，都是40米長10米寬的經典4比1蓋倫船造型。而且，是雙層火炮甲板那種。當然，沒放火炮。
10米的甲板寬度，而單列式馬廄長度一般也就2米多長，一般在22米以內。如果只在甲板兩側修建靠邊的馬廄，那么，中間五米多的地方就空下來浪費了。
經過造船匠們的集體商議，最終他們在中間位置又增加了一排單列式馬廄，用于安置牛馬。至于牛糞和馬糞的清理，則安排一天清理兩次。至于中間位置的馬廄甲板的清洗，造船工匠們經過反復討論，最終確定了修一個甲板上的排水溝的計劃。
他們將中間一排馬廄的甲板墊高，然后在兩側修了專門的排水溝。這樣，沖洗甲板時，水就順著排水溝流走，并通過專門的地點流入大海。這樣，就避免了甲板中間這一排馬廄在沖洗甲板時容易導致積水的問題了。
這樣一來，40米長的甲板，按照15米的單列式馬廄的寬度，一排可以修26或27個馬廄，三排就是80個。
而牛馬船的模板是擁有雙層火炮甲板的500噸級戰艦，因此，兩層火炮甲板都改造成三排馬廄后，總共能裝載160匹馬，或者160頭牛。
至于船上的船員，則住在底艙，或者船上的艉樓里。因為運輸牲口的牛馬船不追求速度，所以船上修了艉樓，作為船長和高級船員的住處。畢竟，底艙比較悶氣，一般是給低級水手住的。而船上的食物和牛馬的飼料，一般也放在底艙。
不過，為了擔心牛馬得壞血病，在航行途中，牛馬除了吃干草料外，牛馬船還會在固定的地點停靠，在岸上收集一些青草和樹葉，喂給牛馬，以給他們補充維生素c。
不過，從波斯到歐洲本土，主要經過葡萄牙人的勢力范圍，只有莫桑比克沿海是和馬林交好的西班牙人的勢力范圍。所以，在停靠點選擇的問題上，馬林還需要和葡萄牙人扯皮一番。
但是，現在絕對不是和葡萄牙人商議登陸補充青草地點的好時機。因為，馬林目前和葡萄牙人幾乎鬧翻了
被“杰克船長”打劫后，那艘倒霉的葡萄牙香料運輸船狼狽地返回了里斯本，并在葡萄牙掀起了軒然大波。