朱載坖對于六科的看法就是作為大明的天子近侍，是皇帝的耳目近臣，也不是閣臣或者其他人的打手。
朱載坖首先規定，六科給事中的選任職能出于皇帝的旨意，任何人或者衙門都不能代替皇帝作出決定，或者向皇帝推薦人選。
六科給事中主要的選取對象就是翰林院的庶吉士們，之所以選擇這些庶吉士擔任給事中，主要是考慮到這些庶吉士們畢竟還不算官場中人，而且關系也相對簡單，再加上翰林院的庶吉士們畢竟是以后朝廷的中堅力量，他們長期不接觸實務對于翰林官的成長是不利的。
除了六科由皇帝直接簡任之外，什么六科給事中考滿之后的任官和貶謫，也都是直接由皇帝的安排的，吏部和內閣無權干涉。
而且朱載坖再次將近侍官不允許和其他官員勾結寫進六科則例之中，規定六科都給事中、給事中若如外臣交往，以泄露禁中語從嚴治罪，本人處斬，株連家屬。
隨即朱載坖將現在六科中的非翰林院出身的給事中、都給事中們全部外放，從翰林院中點選庶吉士充任給事中，資深的翰林官擔任都給事中。
同時發布任命，王錫爵、申時行升翰林學士知制誥，于內閣上行走，負責草擬詔書敕誥之事，仍兼都給事中。
隨著朱載坖制定的各項則例發布，宣告著朱載坖正式開始用自己的想法來治理大明了，之前朱載坖所采取的各種措施，只能算是新政，到了現在，朱載坖才正式拉開了改革的大幕。
朱載坖認為，改革的首先目的，就是要厘清各個衙門的執掌，不能有重疊模糊的地帶，除此之外，還要對現有的衙門予以清查，有疊床架屋的要予以裁并，確有需要的，也要予以新設立。
如對于有關軍中犯罪的事項，之前主要是有地方各衛的鎮撫、五軍都督府斷事官所管理，這次朱載坖設立衛尉寺，用于專門審判士卒犯罪和軍官職務犯罪等事項。
對于廠衛，朱載坖也做了調整，原本屬于錦衣衛的如馴象、儀仗等事務被移交給御馬監，錦衣衛現在只負責皇帝的貼身保衛和緝捕詔獄之事。
廠衛的分工也要做一明晰，東廠主要負責對于朝廷官員、京師各衙門的監督，包括錦衣衛，也在東廠的監督之下，而錦衣衛主要負責查辦大案、搜集軍事情報、維持軍紀，糾察軍中各種不法之事。
所以錦衣衛的職權反而是得到了加強，原本一衛的編制顯然是不夠的，錦衣衛的級別也水漲船高，朱載坖下令，原錦衣衛升格為正二品都指揮使司，錦衣衛也正式改稱錦衣都司，除原南北鎮撫司、詔獄仍然保留之外，按照五軍都督府設立前后中左右五衛，按地域負責對整個大明進行監察。
錦衣前衛，下轄遼東、薊州、宣府、大同、山西五個千戶所。