錦衣后衛，下轄廣東、廣西、云南、四川、貴州五個千戶所。
錦衣左衛，下轄陜西、甘肅、寧夏、延綏、固原五個千戶所。
錦衣右衛，下轄浙江、福建、湖廣、河南、漕運五個千戶所。
錦衣中衛，下轄南直隸、直隸、順天、應天、蘇松五個千戶所。
所在駐地的錦衣千戶所對駐地的各種情報都要加以搜集，尤其是事涉謀反、叛逆、貪墨、邪教等事情，直接同時錦衣都司向皇帝陳奏，同時所在地駐軍糧餉兵仗、軍容士氣、軍紀法規，也都是由錦衣衛負責，尤其是犯法士卒、軍官，游擊以下，許錦衣千戶即行正法，游擊以上，具折陳奏，等候圣裁。
除了廠衛之外，對于宿衛宮禁的系統，朱載坖也予以調整了，原來負責皇帝貼身侍衛和宿衛宮禁的紅盔將軍、明甲將軍、大漢將軍、府軍前衛帶刀官等，統一整編，設立侍衛處，專門負責宮禁宿衛等事，以定國公徐文壁、京衛都指揮使陸繹充領侍衛內大臣。
同時制定了輪番宿衛宮禁的原則，親軍諸衛、京營、御馬監四衛營勇士營各抽一部，負責宮廷宿衛，每十五日輪換一次，朱載坖任命英國公張溶、武定侯郭守乾為領宿衛內大臣。
還有就是有關天下巡檢司的管理，之前從孝宗開始，就大肆裁撤巡檢司，朱載坖認為并不可取，這樣會削弱朝廷對于地方的控制，巡檢司的主要職能是所在地方的盜賊緝捕、治安巡防、震懾甚至鎮壓寇亂等，對于朝廷控制地方有很大好處。
所以朱載坖要求天下各府州縣在要害之所、交通要道、土匪橫行的地方設立巡檢司，同時將巡檢司歸口到刑部管理，在刑部設立提督巡檢衙門，由左侍郎提督之，在各省由按察僉事一人專門負責領導通省巡檢司，在府州，同知或者通判負責本府州的巡檢司管理，在縣由縣尉負責巡檢司。
而對于巡檢司的人手，之前是從地方征調的弓手、民壯充任，現在朱載坖認為這些弓手民壯戰斗力實在是太差，而且這種無償征發來的兵丁實在是沒有什么斗志，朱載坖認為要優先安排各地的退伍士卒到巡檢司去，而軍中的小旗、總旗等基層軍官，達到一定年限之后，也可以轉任地方擔任巡檢。
朱載坖連續發布多個詔命，涉及到朝廷的方方面面，尤其是官制方面，使得內閣有些不安了，首輔李春芳上疏朱載坖，認為改革動作實在是太大了，百官和朝廷實在是一時之間難以接受，請求朱載坖暫緩推動各項改革措施。
而內閣大學士陳以勤也向朱載坖上書，認為朱載坖不僅要頒布詔書，制定則例，更重要的是要根據頒布的則例重新修訂大明會典，陳以勤還建議，趁此機會，要修大明的官方正史。
對于陳以勤的上疏，朱載坖并沒有第一時間予以回應，而是開始仔細思考起來陳以勤的用意了。自己這位陳師傅，這個時候怎么提出來修書了。</p>