不過呢，他又承認商賈是經濟領域中的重要組成部分，每個人包括商人都有繳納賦稅的義務，“不論客戶、土著、佃耕、自耕、工商、游食，一令稍有輸將，以供王民之職”。
在這里，王夫之拋棄了傳統的農業單一稅的思想，堅持商稅是正當的財政收入，不僅應當納稅，而且一些“不勞而多獲”的商品還應當繳納更重的賦稅。
他還強調國家軍隊的支出應由商稅中來。比如他曾在噩夢中說“且如周制，兵車之賦出于商賈，蓋車乘、馬牛，本商之所取利，而皮革、金錢、絲麻、竹木、翎毛、布絮之類，皆賈之所操，是軍器皮作火器各局之費，應責之於商賈也無疑。”
除了王夫之外，還有馬卿也從重農抑商的角度解釋征商是符合上古先哲王法的，他稱“及照我國家鈔關之設，非直征稅出入，以足國用，實欲抑彼逐末，而歸之農，正古先哲王念民之依，貴五谷而賤金玉之意，誠良法也，故市廛之征，王法不廢”。
根據當時國庫空虛的情況，又認為征收商稅“可以濟公用而寬民力”。他又說道“今前銀支費巳盡，高墻之供決不可缺，而民力巳竭，實為不堪，夫征商之余利，與浚民之脂膏，利害相去遠矣。”為征商合理性了道德上的解釋。
隨后，又建議“且天下商販往來南北者，皆經臨清等處征稅，何獨循淮而西之商經正陽者，乃得不稅，亦為不均”，以均商稅為理由，開設正陽稅關。
把他兩位這樣具備代表性的理念和觀點這么一擺，就能看出高務實的態度在時人看來有多么“扭曲”了高務實既主張提高商人地位，不能抑商，但偏偏他又堅持認為商人應該繳納商稅。
在常人看來，你既然要重商，那就應該給予商人良好的從商環境，而在世人眼中最好的從商環境，當然就是不必繳稅。你一邊提重商，一邊要商人繳稅，你是精神分裂嗎
高務實當然沒有精神分裂，他只是“求實務實”這種事情光從理論上分析沒有用，你得能實際推行才成，而現在的實際是什么樣的
首先，商稅不收是不行的，一個瘸子要跑贏雙腿健全的人，那他受力的那條腿該有多發達大明現在就是個瘸子，單靠那點農稅支持，然而大明的農民雖然放眼全球來說的確是挺強，可再強也受不了這樣的盤剝，久而久之這條腿遲早也得廢掉。
其次，商稅的征收是為了給國家緩解壓力，而不是把國家搞垮。如果真的全面納稅、稅率一致，那賣糧食的能和賣技術的印染、織造、造紙等比利潤嗎，賣棉布的能和賣絲綢的比利潤嗎，賣竹木的能和賣瓷器的比利潤嗎顯然不能比。
不能比，問題就來了。北方商人目前的主要生意，除了高務實自家的京華系之外，大部分都應該歸納為“原材料買賣”，頂多是“粗加工行業”。這種生意一般有兩個特點其一是大宗，其二是產品附加值低。
南方商人則不同，他們從事的要么是高附加值產業，如絲綢絹帛、瓷器、造紙；要么是“精加工產業”，如印染、織造、印刷乃至于制筆等。簡單的說，就是“單位效益”都很高，產品的附加值很高，哪怕是小宗貿易，其涉及的金額也不小。
如此一來，倘若按照大明過去的征稅方式搞一刀切，附加值低的一方商人那就干脆別做了，因為他的利潤在扣除稅金之后搞不好得變成負數。
因此原因，實學派方面在此前推行的商稅中，把這些東西做出了一個還不算特別詳細的劃分。
簡單的說，以目前所推行的商稅，南方商人被征收的稅率是要遠高于北方商人的，“北方商人”中只有極少數被課以重稅比如京華就有不少，如水泥、香皂等都是重稅，要不然高務實也不至于每年繳納一百七十多萬兩稅銀了。
然而京華有其特殊性，一貫都被人用一種“例外論”來看待，所以不具備真正的代表性。在外界眼中，目前實學派所推行的商稅，就是典型的“北輕南重”北方商人繳稅的稅率很低，南方商人繳稅的稅率很重。
其實這東西要真看絕對值的話，北方屬于“極輕”，但南方也并不重。